Я пришел к такому выводу, потому что давно занимаюсь установками сигнализаций и похожих конфликтов сигнализации и других устройств по цифровой шине не видел и не слышал. В день установки перестал работать БК - установщики не могли его отключить или сломать? 

Попробуйте просто отсоединить два витых провода которые идут от сигналки (оранжево-белый и оранжевый) которые подключены предположительно на ОБД разъёме к Бело-синему и белому проводу. И не надо ничего переактивировать и переадаптировать. Блокировку только потом проверьте. А то автомобиль может совсем без блокировок остаться.

И потом сообщите, помогло или нет.

Сорри за офтоп, не могу не смеяться. Вы 4 месяца отключали энергосбережение? Или Вам Этого режима хватат на 4 месяца с одной зарядки?

У Вас проблема с БК, зачем искать ответ на сайте не имеющим никакого отношения к БК?

нужно ли как-то заставлять сигнализацию перечитывать конфигурацию? 

Ответ: Заставлять сигнализацию не требуется.

если автомобиль с кнопкой Старт-Стоп, попробуйте подключиться к кнопке. Если с ключом, то к замку зажигания. Иначе не получится

1. Попробуйте сделать аксессуары НЕ выключающиеся.

2. CAN B не подключен что ли? Если не подключен - подключайте.

3. Зачем вы имитацию педали тормоза на гибкой логике продублировали? подстраховались, если не сработает в штатном алгоритме? Убирайте обе программы гибкой логики. Они всё равно не корректные (если двигатель не завелся по какой-либо причине, сцепление останется "нажатым" пока автомобиль не заведется в охране. то есть почти никогда не выключится).

4. Блокировка нормально разомкнутая нигде не стоит?

Здраствуйте. При включенной блокировке АКПП по кан шине (КАН С) автомобиль дистанционно не заводится. КПП DGG 4x4.

можно конечно попробовать логику: при снятии с охраны на свободный провод подать импульс на 2 секунды и будет снизу игнорирование зон дверей. Но думаю лучше попробовать прошивку другую. Например от Ситроен С6.

зажигание через кан? Попробуйте в аналог.

попробуйте рассмотреть вариант замены сигнализации на S96. Там есть вариант аналогового подключения к ДУТ. И возможностей будет гораздо больше чем у Пандоры и за меньшие деньги.

сбросить могут в сервисном центре, а уровень топлива не читается через кан шину.