Некорректная работа на astra j

Поставил себе на astra j 2011 акпп starline a93v2. 

Судя по дальнейшему тексту  не просто А93v2, а  с 2CAN\2LIN модулем.

Подключение производил согласно установочной карте, 

их не одна и не две. Их много. Желательно ссылку именно  на ту "мурзилку" с картинками, которой пользовались Вы.

все сигналы берутся с кан.

В немолодой машине  (тем более, когда разговор про Опель-Шевроле) - не самое лучшее решение.

Почему и при чем тут  возраст - ответы тут  https://www.alarmforum.ru/forum55/thread15807.html (самое интересное на стр 3 и 4)

Обход иммобилайзера через iKey.

разумно.

При попытке открыть машину, когда она на автозапуске, сигнализация с охраны снимается, но открытие цз происходит иногда с первого, а иногда со второго-третей раза. Необходимо переподключить цз по аналогу?

Да,  правило УСТАНОВЩИКА номер один при установке сигнализации с использованием CAN: "если что-то не заработало через CAN или  работает некорректно/нестабильно - это надо запретить  в настройках CAN-адаптера и сделать аналоговыми подключениями". 

Так же есть проблема, что иногда на автозапуске машина глохнет через несколько минут и заново заводится.

Перечитываем материалы по ссылке, особенно - про критически важные для автозапуска статусы..

Прошивку модуля кан брал с сайта, самую последнюю.

Увы - CAN - не волшебство , И не панацея. Перечитываем  первое правило установщика.