Некорректная работа на astra j

Поставил себе на astra j 2011 акпп starline a93v2. 

Судя по дальнейшему тексту  не просто А93v2, а  с 2CAN\2LIN модулем.

Подключение производил согласно установочной карте, 

их не одна и не две. Их много. Желательно ссылку именно  на ту "мурзилку" с картинками, которой пользовались Вы.

все сигналы берутся с кан.

В немолодой машине  (тем более, когда разговор про Опель-Шевроле) - не самое лучшее решение.

Почему и при чем тут  возраст - ответы тут  https://www.alarmforum.ru/forum55/thread15807.html (самое интересное на стр 3 и 4)

Обход иммобилайзера через iKey.

разумно.

При попытке открыть машину, когда она на автозапуске, сигнализация с охраны снимается, но открытие цз происходит иногда с первого, а иногда со второго-третей раза. Необходимо переподключить цз по аналогу?

Да,  правило УСТАНОВЩИКА номер один при установке сигнализации с использованием CAN: "если что-то не заработало через CAN или  работает некорректно/нестабильно - это надо запретить  в настройках CAN-адаптера и сделать аналоговыми подключениями". 

Так же есть проблема, что иногда на автозапуске машина глохнет через несколько минут и заново заводится.

Перечитываем материалы по ссылке, особенно - про критически важные для автозапуска статусы..

Прошивку модуля кан брал с сайта, самую последнюю.

Увы - CAN - не волшебство , И не панацея. Перечитываем  первое правило установщика.

Благодарю Вас за столь развернутый ответ, в теме по ссылке узнал достаточно много интересной информации, особенно про контакты непосредственно на кан модуле, хоть и сам с техническим образованием, да и паяльник с малых лет держу, никогда бы не подумал, что в гребенке, которую практически не трогают, может ослабевать контакт. 
Использовал эту инструкцию: https://install.starline.ru/file.php?key=2ae91fe049627c7500307990824a0f61

Хотел бы уточнить еще момент, насколько мне известно из тем на этом форуме, в последних версиях прошивки can модуля старлайн адаптировал ПО для машин более поздних годов выпуска, у которых словарь can отличается от дореста (мне доподлинно известно, что большие изменения произошли в управлении климатом, но это к сигнализации не относится, хотя думаю и другие функции не обошли стороной) Отсюда вопрос, на сайте can.starline.ru размещена только актуальная версия, где можно найти более старые? Есть мысли, что работа системы станет стабильнее. 
А по поводу некорректной работы цз, после прочтения той темы я еще больше убедился, что нужно переподключать по аналогу.

Хотел бы уточнить еще момент, насколько мне известно из тем на этом форуме, в последних версиях прошивки can модуля старлайн адаптировал ПО для машин более поздних годов выпуска, у которых словарь can отличается от дореста (мне доподлинно известно, что большие изменения произошли в управлении климатом, но это к сигнализации не относится, хотя думаю и другие функции не обошли стороной) Отсюда вопрос, на сайте can.starline.ru размещена только актуальная версия, где можно найти более старые? 

CAN-модуль какой версии достался Вам вместе с сигнализацией?

Есть мысли, что работа системы станет стабильнее.

возможно, что да. Но не факт.

А по поводу некорректной работы цз, после прочтения той темы я еще больше убедился, что нужно переподключать по аналогу.

Аналог - он всегда стабильнее и надежнее. В Вашей машине с аналоговым подключением ЦЗ  (как и  зажигания, тормоза и ручника) проблем нет. Достаточно нарыть старые "мурзилки" по установке в такие машины сигнализаций без CAN-модулей.

Еще А9,В9, А91 и  других "старушек".

Установлен модуль 2can 2lin v4, касаемо ручника - тут как раз будут сложности, поскольку стоит электроручник и концевика в привычном его понимании нет.

Установлен модуль 2can 2lin v4,

Увы - для Вашего модуля  доступна только  ТЕКУЩАЯ прошивка (как вариант иногда может добавляться очередная АЛЬФА)... Библиотек  со старыми  прошивками на него пока нет.\

касаемо ручника - тут как раз будут сложности, поскольку стоит электроручник и концевика в привычном его понимании нет.

О как. Тогда реально придется повозиться... Возможно придется колхозить   схемки-формирователи на транзисторах, если  сигналы , формируемые электроручником будут неподходящие по полярности или уровню для нормальной работы аналогового входа сигнализации...