При попытке автозапуска тревога открыт капот.

Ответ прост и естественен до безобразия:

1) значит  ВЕРОЯТНЕЕ ВСЕГО при толчке мотора  в процессе запуска  капот "играет" и концевик, встроенный в механизм замка капота кратковременно срабатывает...

2) Чтобы закрыть вопрос, надо:

а) запретить чтение статуса капота из CAN  и проверить - если после этого запуск станет возможен и будет без тревоги по зоне КАПОТ, то ПРИДЕТСЯ

б) вытащить под капот провод "вход КАПОТ" сигнализации и установить  под капотом ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЙ концевик.

Установка современной сигнализации в современный автомобиль по формуле "прикрутил пять проводов - массу, питание, шину CAN и сирену - и дело в шляпе" не всегда срабатывает.  Иногда есть серьезные подводные камни, не видимые с берега...

Ответ может и прост но не в этом случае.

1 Если после неудачного авто-запуска завести с ключа, заглушить и снова стартануть с брелка то все срабатывает штатно.

2 При стабильном МИНУСЕ на улице или ПЛЮСЕ все работает как часы, глючит только при перешагивании температуры через ноль, сейчас начались оттепели днем. Сегодня с утра в гараже был 0, попробовал авто-запуск не срабатывает, тревога, ошибка капота.   

Датчик температуры двигателя не подключал, работает только датчик во внутреннем блоке.

Сейчас доехал до работы, оставил на улице, машина прогрета, все срабатывает штатно (капот не трясет ?)

Еще грешил на аккумулятор, думал может при просадке напряжения срабатывает тревога, померил в покое при стоянке 12.4 при попытке старта проседает до 11.8, думаю не критично.

А Вы пробовали выполнить советы которые Вам дал Старик выше?

Прислушайтесь к совету специалиста, а не стройте догадки. 

P.S. если бы у бабушки был, то она была бы дедушкой

Ответ может и прост но не в этом случае.

1 Если после неудачного авто-запуска завести с ключа, заглушить и снова стартануть с брелка то все срабатывает штатно.

2 При стабильном МИНУСЕ на улице или ПЛЮСЕ все работает как часы, глючит только при перешагивании температуры через ноль, сейчас начались оттепели днем. Сегодня с утра в гараже был 0, попробовал авто-запуск не срабатывает, тревога, ошибка капота.  

Хм. Ну тогда ВОЗМОЖНО штатная электроника (например штатная система охраны) тестирует состояние концевика капота при запусках мотора (как вариант).  Причем не всегда, а по какому-то своему закону, только ей и её разработчикам известному (например после ДЛИТЕЛЬНОГО ПРОСТОЯ и "засыпания" автомобиля). При этом в шине CAN может появляться  код ОТКРЫТ КАПОТ, который и ловит сигнализация. Если выполнить мою рекомендацию, то сигнализация ГАРАНТИРОВАНО ничего не будет ловить из  цифровой шины по поводу капота , а будет его контролировать САМОСТОЯТЕЛЬНО - по своему  проводу и дополнитлеьному концевику.

Я понимаю, что теперь разбирать машину и тянуть еще провод под капот от блока - неохота. Но тут надо решить - что вам надо: работу стабильную? Или глюки хаотичные и непредсказуемые? Обновление протоколов для CAN-адаптера, учитывающее устраняющее этот глюк, выйдет когда нибудь может быть. А может и не выйдет. А как сейчас пользоваться системой охраны? Без автозапуска?

Да, труд установщика не прост и безоблачен. Бывают приколюхи и пожестче...

И кстати - вполне возможно, что мы вообще РОЕМ НЕ ТАМ... А копать надо ВОКРУГ правильности размещения главного блока, особенно, если в нем есть GSM. Читаем ЗДЕСЬ про то, что случается, если не учитывать законов радиотехники (там, в теме есть еще ссылки - рекомендую и по ним "погулять")...

Спасибо сегодня попробую отключить опрос по капоту полностью программно.

GSM модуля нет но есть встроенный Bluetooth. 

При монтаже намеренно укоротил все штатные провода в шлейфе сантиметров до 10-15 в надежде уйти от наводок. Да, неиспользуемый пучек просто смотал изолентой, может его вообще вырезать?

Опрос капота по CAN отключил, автозапуск стал работать НО нажимаю в Мастере Снять с охраны и на брелке капот моргает как открытый, ставлю в охрану капот тоже закрывается. Может вырезать провод датчика капота, на него могут быть наводки, хотя он управляется по массе.

Опрос капота по CAN отключил, автозапуск стал работать 

ЧТД (что и требовалось доказать...)

GSM модуля нет но есть встроенный Bluetooth. 

Надеюсь - хватило терпения прочитать ВСЁ по ссылкам?  И в связи с этим ВОПРОС:
КАК расположен блок сигнализации по отношению к металлическим элементам  в недрах торпедо? Если металл ближе 1 см, а также - если он НАД блоком или блок полностью НА МЕТАЛЛЕ кузова, то ПЛОХО. 
Надо ОТОДВИГАТЬ и ПЕРЕНОСИТЬ блок подальше от металла (и желательно так его расположить. чтобы сигнал антенны BLE без проблем мог покинуть недра автомобиля - чтобы на пути его радиоволн не было металла)... Потому что Снять с охраны и на брелке капот моргает как открытый, 
может быть следствием наводок на входы сигнализации от общения BLE-метки (ведь её радиотракт прямо в блоке!!!)...
ставлю в охрану капот тоже закрывается. 
При постановке на охрану опроса BLE-метки не происходит и наводки нет... Поэтому и  всё хорошо и нет лишних символов... И кстати - при автозапуске включается зажигание и наверняка в этот момент опять-таки происходит ПОИСК МЕТКИ BLE... НАВОДКА и ... ЛОЖНАЯ СРАБОТКА по зоне капот. Значит дело не CAN и не в концевике капота. Дело (скорее всего) В НАВОДКЕ на проводники платы от радиоизлучения радиотракта BLE-метки...

При монтаже намеренно укоротил все штатные провода в шлейфе сантиметров до 10-15 в надежде уйти от наводок. 
это ПРАВИЛЬНО
Да, неиспользуемый пучек просто смотал изолентой, может его вообще вырезать?
 Может вырезать провод датчика капота, на него могут быть наводки, хотя он управляется по массе.
Не надо этого делать. Ведь вполне может понадобиться что-то из этих проводов и совсем скоро... Надо изменить расположение главного блока с учетом рекомендаций по приведенной ссылке... Ибо наводки от излучения передатчика BLE происходят внутри самого блока и наводки идут в первую очередь на плату (ну и на пучок проводов конечно тоже, но плата ближе). А вызваны они НЕУДАЧНЫМ расположением блока, СКОРЕЕ ВСЕГО...
А вот пучок неиспользованых проводов наоборот надо как можно ближе к металлу положить - насколько это возможно... Основы основ программы "электромагнитная совместимость и борьба с помехами" в курсе обучения радиотехнических и радиоэлектронных вузов

И вообще- монтаж современной сигнализации в современный автомобиль - это труд, требующий знаний  в разных областях электротехнических дисциплин и выполнения определенных ПРАВИЛ монтажа. Малейшая ошибка или отступление  от этих законов и правил грозит умножить на ноль всё остальное, сделанное верно. Где и в чем ошибка у Вас - нам ЗАОЧНО не видно... Но она есть... И искать и устранять её Вам... Еще раз перечитайте все по ссылкам. Там всё есть - КАК НАДО. Сравните  сделанноее Вами с тем, КАК НАДО и ... примите решение - что надо переделать (обычно приходится переделывать всё с нуля... Я во всяком случае предпочитаю делать так, исправляя чужие установки с ошибками)