E96V2 GSM Toyota C-HR 2020 NGX10 RHD не гибрид

E96V2 GSM Toyota C-HR 2020 NGX10 RHD не гибрид, все установки выполнены согласно схеме. https://can.starline.ru/0/39/8153#connections

Эта ссылка приведена в разделе  CAN-прошивки ПОД ГИБРИД. 

НО СХЕМЫ там нет. Вы подключались  не  к CANу и SLP? Делали запуск с обходом  по IMO-IMI???

Прошивку тоже использовали от гибридного автомобиля? Если ДА, то это ошибка. Силовая установка гибрида "заводится" сложнее, чем  просто бензо- или дизель-мотор....

Да и  ТОЧКИ  подключения для такой машины - ДРУГИЕ!!! Не такие как для бензо-версии. Что мешало использовать информацию о точках подключения отсюда https://can.starline.ru/43/39/9488 - из описания прошивки для Вашей машины? И делать  запуск CAN+SLP? Желание  сделать мягкую посадку?

Файл настроек S96V2 TOYOTA CHR 082.slc (S96 указано случайно)

S96v2 указано не случайно. E96v2GSM - это  та же самая S96v2, только  с антенным модулем и брелком в комплекте. У них единый базовый блок. серийный номер которого начинается с букв  и цифр ES96v2. Главное я подчеркнул.

Это файл настроек для автомобиля с кодом 5799 - бензоверсии Toyota C-HR 2020 NGX10 RHD. 

И судя по настройкам - запуск по CAN+SLP. Там, откуда Вы взяли прошивку CAN - есть и точки подключения именно для этого автомобиля. Почему в самом начале  Вашего сообщения  ссылки на какие-то якобы СХЕМЫ для гибрида??? ЗАЧЕМ подключения  по ЧУЖИМ ТОЧКАМ??? Не от Вашей машины???

Суть проблемы в чем:

1. Открывает/закрывает со штатного ключа или бесключевого доступа без проблем. При попытке открыть с брелка или приложения, личинка открывается, но зеркала не раскладываются и кнопка старт-стоп не реагирует на нажатия, как снимешь штатным, то все становится хорошо.

Не сталкивался с таким. Такой машины в работе не было. Но  если управление зеркалами не заявлено через CAN, то они и не разложатся..   

Однако Вы вот это читали?

Где я это взял? Тут https://can.starline.ru/43/39/9488  (это описание прошивки 5799)

Что касается неработы кнопки. Но сайте вроде всплывала такая тема... И  смутно припоминаю, что там тоже  была каша из гибрид-негибрид. ЧУЖИЕ точки, чужие ПРОШИВКИ...

Подключение на открытие выполнял аналогово, 

Это ответ про нераскрытие зеркал. На ряде машин они раскладываются позже- при запуске машины вручную. Привел скрин  выше про зеркала. У Вас не так? Так может подключить всё по точкам от своей машины, а не от гибрида? 

также пробовал играться с настройками кана по отпиранию ЦЗ, пункта "Отпирание ЦЗ со снятием штатной системы с охраны" по кану не было доступно.. 

Если использовали неродную прошивку или блок зеркал "безмозглый" - не подключен к CANу, а получает прямую команду из BCM на основании обнаружения радиокоманды со СМАРТ-ключа, то только  лезть в блок зеркал и делать их раскрытие аналоговым способом при отпирании  сигналкой.

В схеме по гибридной версии написано, что нужно сделать: "Для полного снятия штатной системы охраны необходимо с помощью диагностического оборудования активировать управление с "личинки":
Customize Setting -> Security -> Security Control with mechanism key переключить в положение "on".

Поможет ли это в моем случае?

Нет. Это помогает  избежать тревоги штатки при попадании в заведенную машину... И об этом должно быть написано там же, откуда Вы  вязли этот текст.

2. Проблема по автозапуску из диагностики в StarLine Master и через брелок. При попытке завести двигатель блок будет думать от 30 до 60 секунд и заведет двигатель, если выполнять автозапуск через приложение или штатным брелком по нажатию 3 раз, то заводит моментально. Как исправить?

Скорее всего -использовать прошивку под бензо-машину (дизель-машину) И ТОЧКИ ПОДКЛЮЧЕНИЯ - тоже для неё. 

Извиняюсь, в начале случайно привел ссылку на гибридную версию, все подключения и настройки были выполнены от бензиновой версии https://can.starline.ru/43/39/9488#functions. Остались проблемы, что описал выше, также они были описаны здесь: https://support.starline.ru/communities/80/topics/109432-toyota-c-hr-rhd-2016-2023-ngx10-ngx50-zyx11-knopka-start-stop-hybrid будут ли исправлять не знаю

Сейчас также клиент пишет, что фары и стопари иногда гаснут, когда на заведенную машину открываешь дверь, а спустя минуту загораются сами. И самое главное, что брелок не хочет дружить со штатной системой.

Остались проблемы, что описал выше, также они были описаны здесь: https://support.starline.ru/communities/80/topics/109432-toyota-c-hr-rhd-2016-2023-ngx10-ngx50-zyx11-knopka-start-stop-hybrid будут ли исправлять не знаю

Я тоже не знаю.Не исключено, что надо  сделать  перепрограммирование электроники машины на  снятие с штатки по личинке. Однако есть решение  проще и прямолинейнее - НЕ ВКЛЮЧАТЬ ШТАТКУ в принципе. Об этом в самом конце.

Сейчас также клиент пишет, что фары и стопари иногда гаснут, когда на заведенную машину открываешь дверь,

1) так СТОПАРИ или задние габариты?

2) Лично я  РАЗРЫВАЮ провод "масса" на подрулевом переключателе на время всей охраны, не надеясь на CAN...

ничего не горит  назапуске в принципе. В каком бы положении  хозяин не оставил переключатель.

а спустя минуту загораются сами.

не сталкиваюсь с таким.  У моих клиентов загораются или после снятия с охраны (так делаю, если мягкая посадка есть) или после  включения зажигания - если мягкой посадки нет. Гибкая логика для канала, подающего массу на подрулевик - в помощь.

И самое главное, что брелок не хочет дружить со штатной системой.

Так  в возможностях CAN и не заявлено управление штаткой

Самое простое решение -  найти в жгуте  проводки водительской двери провод СТАТУС центрального замка. Этот такой провод, на котором  масса при незапертом ЦЗ и  НЕмасса (какой-то потенциал) при запертом ЦЗ.

На этот провод надо сунуть массу в течение 2 сек через 2 сек после постановки на охрану. Это вызовет НЕВКЛЮЧЕНИЕ шатки , так как машина будет думать, что ЦЗ не заперся. А невключившаяся штатка не поднимет тревогу при  отпирании машины с брелока сигналки.