E 96 v2 Cрабатывает штатная сигнализация при дистанционом запуске

1) Не удивляйтесь, если Ваша тема пропадет  в этом разделе. Так как направленность вопросов явно  по самостоятельной установке, то тему свою ищите  в одноименном разделе форума.

2) Что касается

Есть один нюанс, на патриоте штатный иммобилайзер отключен в ЭБУ. Может ли это влиять на срабатывание штатной а/с ?

то ответ нет. Штатная охранная система и штатный иммобилайзер - это независимые друг от друга системы. В машине вполне может быть иммобилайзер и не быть штатной системы охраны. Обратная ситуация менее распространена и машины со "штаткой", но без ИММО встречались в 1980е-190е годы среди иномарок...

3)  По поводу

Пока вышел из положения в настройках КАН, в функциях управления убрал галочки "Постановка штатной системы охраны" и "Снятие штатной системы охраны",

 могу сказать только одно - это самое правильное и простое решение.

но это не удобно так как если планируется совершить автозапуск при постановке на охрану приходится пользоваться управлявшими E96 (брелок, метка, смартфона), а хотелось бы все делать штатным ключом имея метку в кармане.

Самое разумное - установить в ручку двери автомобиля сенсор ЕС-1 и наслаждаться бесключевым доступом в машину ВООБЩЕ НИЧЕГО НЕ ДОСТАВАЯ из карманов. Ну или включить режим СВОБОДНЫЕ РУКИ (но с ним не всё так гладко как хотелось-бы - в разных местах  стоянки автомобиля дальность потери и обнаружения метки будет разная...)

А подчеркнутое вообще опасно тем, что штатные радиоканалы управления ЦЗ имеют кодировки, гораздо менее защищенные от ГРАББЕРОВ (чем радиоканалы современных систем охраны, в частности  - StarLine) и  подвержены электронному взлому... И без подпора штатного радиоканала ими вообще лучше не пользоваться...

Если же это Вас не страшит, то  пробуйте замкнуть штатный концевик капота УАЗика, а для Е96v2 (думаю, что именно такую сигнализацию Вы купили, вот только GSM или BT?) установить свой дополнительный установить (или использовать всё тот же штатный, НО ОТРЕЗАВ его от проводки и подключив только к Е96v2).ю В настройках CAN чтение капота разумеется надо выключить. В большинстве машин  - если штатная электроника думает, что капот открыт - она не включает штатную охрану... Как в УАЗике - я доподлинно не знаю - давно они не заезжали на установку, тем более  - на установку таких крутых систем. И такой проверки  именно в такой машине я не проводил. Но попытка (Ваша попытка) - не пытка. Попробуйте.

Минимально что можно сделать -включите снятие\постановку перед запуском... 

Максимально - выключите штатку диагностикой

Огромное спасибо за разъяснения, пока анализирую и планирую схему дальнейших действий,  ясно одно: штатную сигнализацию буду отключать, смысла в ней нет. Хочу поставить емкостный датчик в ручку двери и кнопку старт-стоп вместо з/з. Но смущает  отказ от механической части защиты таких как блокировка руля и личинка замка зажигания. Также мне пока непонятно качество универсальных комплектов старт-стоп и их совместимость с автосигнализацией Старлайн  E96 V2 (BT, 2CAN, 4LIN, GSM, GPS ), установленной на моем УАЗе.

Также мне пока непонятно качество универсальных комплектов старт-стоп и их совместимость с автосигнализацией Старлайн E96 V2

Вам не нужен весь комплект. Вам нужна только КНОПКА.

Всё остальное сделает сигнализация, если Вы её вежливо попросите.

https://www.google.com/search?q=%D0%BA%D0%BD%D0%BE%D0%BF%D0%BA%D0%B0+Start+%D0%BD%D0%B0+%D0%B3%D0%B8%D0%B1%D0%BA%D0%BE%D0%B9+%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%BA%D0%B5&source=lnms&tbm=vid&sa=X&ved=2ahUKEwjfoanenLb9AhXHpYsKHQbeBakQ_AUoAnoECAEQBA&biw=1396&bih=685&dpr=1.38#fpstate=ive&vld=cid:dc01937f,vid:bT2gzJc6HQ8

Да и тут уже куча тем было про  кнопку Start на гибкой логике. В окошке поиска сверху страницы наберите слова заветные и читайте - как люди делали.

Что такое гибкая логика?

https://support.starline.ru/uploaded/file/13469/10/768/927bd292f9ebccd1a28324ef70affb90.pdf

а я бы оставил штатку и "подружил" её с Е96