двигатель заводится подношу ключ к замку(не вставляю), нажимаю педаль тормоза,

зачем ? какая коробка ?

При дз двигатель запускается на несколько секунд и глохнет.

а обход обучили ?

https://oldinstall.starline.ru/file.php?key=f05c38504460dcec8b264375ac2ab26c

по логике черножелтый тоньше оранжевого

где и что ? Вы что провода по толщине подключаете ! 

лично я бы заморочился тем что б штатный ключ работал при автозапуске ,  метка в документах , доп брелок на фиг не нужен .. 

авто какое ?

метка в безопасности имеет более хитрые настройки , чем брелок . так что многое не понятно .

Черно желтый настраиваю как защита стартера, оранжевый стартер.

может наоборот ?

цз как подключили = разъём Х1 черно-зеленый и черно-синий на минус , а черно-красный на плюс 12 В = если так вот тут и ошибка ........

выкладывайте файл настроек