Метка не успевает авторизоваться блоком, в результате блокировка активна. Рекомендую сделать авторизацию при снятии с охраны. 

Необходимо убрать статус зажигания на A93 в охране. 

S 96 будет лучшем вариантом, если сравнивать с A93 в Вашем случае.

Управление штатным способом сохранится, даже в режиме автозапуска. 

При запуске по rx/tx штатку душить не нужно, должно работать без срабатывания. 

Возможно в вашей ситуации, сработка штатки вызвана имитацией открытия двери после завершения АЗ. 

Попробуйте не душить штатку и отключить имитацию после АЗ. 

Автомобиль не видит ключ при автозапуске. Проверять F1.

Замените батарейку.

Была похожая ситуация, вытащив кан модуль из блока и подключив напрямую, обновление прошло и кан ожил.

Необходимо проверить настройки контроля работы двигателя, так же корректность подключения сере/чёрного провода от сигнализации.

Глушение двигателя при  снятии с охраны в режиме АЗ, связано с бесключевым обходом штатного иммобилайзера. Так и должно быть. 

Снимите видео процесса, чтобы было понятней.