Возможно вместо синего и зелёного проводов ЦЗ сигнализации использовал зел/чёрн и син/чёрн

В жигулях всё не постоянно :))

При открытии багажника с брелка, идёт опрос концевика багажника и если он открылся, то брелок вам это сразу показывает. Но после этого сигналка не ждёт его закрытия, и поэтому не отображает на брелке закрытие багажника. 
Другими словами: потому что, так сигнализация запрограммирована.

Больше похоже на то, что сига не успела подхватить.

Ставил когда то A92. Такая же была беда когда контроль зажигания подключал к зажиганию. Но потом контроль подключил на ACC и сигналка после глушения сама подавала второй импульс. Не знаю как в прошивке у А91. Либо можно взять транзистор, конденсатор, реле и ими имитировать открытие двери после прогрева. Но считаю не зачем огород городить, гибкие каналы очень могут помочь. Меняй сигналку.

Обновление дисплея брелка происходит по некоторым событиям. Закрытие багажника вне охраны таким событием НЕ является. Обновить можно вручную, как написал Романыч48.