Обновление S96 v2. Разделение по типу серийного номера.

Здравствуйте. Устройства с разными серийными номерами имеют разную аппаратную часть.

Системы с буквой L в серийном номере сняты с производства. Выпуск нового ПО для них прекращен.

И будут ли обновляться сигнализации, попавшие в исключение?

Предлагаю почитать тут https://support.starline.ru/ru/communities/98/topics/98036-s96l  про обновление ПО сигнализаций и про актуальность и "нужность" подобных обновлений в ходе эксплуатации...

А как быть с теми ошибками по работе системы, которую для не урезанных закрыли, (для примера, постоянное сообщение об отсутствии защиты багажника) для обрезанных нет?

откатите на одну прошивку назад. в ней нет ошибки во смс по багажнику. 

Все эту ошибку пишут как будто вот каждый день проверяют состояние багажника именно по смс. В приложении верно, в охране учитывается верно. В смс показывает наоборот. Не подходит Вам прошивка в которой есть эта ошибка - не используйте эту прошивку. На сайте об ошибке написано чтоб все заранее знали что она есть перед обновлением.