купил сигнализацию S96 v2. Возникли вопросы

Здравствуйте.

как можно использовать дополнительные 2 канала LIN

Можно использовать их как LIN-C и LIN-D , если автомобиль поддерживает. Указано в точках подключения на сайте https://can.starline.ru/

изменились ли точки подключения по сравнению с S96

все актуальные точки подключения для каждой системы указаны на сайте https://can.starline.ru/

в чём различия версий прошивок 5.3.8 и alpha ?

Alpa - тестовое ПО с добавлением новых функций или с изменением уже поддерживаемых. Тестовая версия, разработка которой проходит в данный момент. Может содержать ошибки. Все поддерживаемые функции для каждого ПО тоже указаны на сайте https://can.starline.ru/

Можно использовать их как LIN-C и LIN-D , если автомобиль поддерживает. Указано в точках подключения на сайте

В том то и дело что в картах монтажа нет LIN-C и LIN-D

если автомобиль поддерживает.

Здравствуйте. Если для автомобиля не указана поддержка LIN-C и LIN-D, то подключать их не нужно.