на каком этапе нужно отпустить педаль сцепления

Здравствуйте. Опишите, пожалуйста, подробнее Ваш вопрос.

Педаль сцепления не влияет на программную нейтраль при стандартной установке.

прошу прощение, при правильной процедуре на каком этапе нужно отпустить педаль сцепления (мкпп, замок зажигания)

Логично это делать после того, как рычаг МКПП поставлен в нейтральное положение и активирован стояночный тормоз - поднят "ручник" или нажат "ножник".(Вы не написали  марку-модель машины в  вопросе... Поэтому не знаю-  какой именно у Вас стояночный тормоз)

Для программной нейтрали куда важнее, чтобы после того как Вы всё это проделали - Вы ещё ОБЯЗАТЕЛЬНО отпустили педаль тормоза (если до сих пор жмете на неё). И только при  всех отпущенных педалях (ноги с них убраны!) и поднятом ручнике  и работающем при этом моторе (рычаг КПП в нейтральном  положении!!!) можно поворачивать  и вынимать ключ из замка зажигания (желательно, чтобы при этом еще и все двери были пока еще захлопнуты). После того как извлекли колюч - мотор заглохнуть не должен, а светодиод сигнализации - начать светиться непрерывно. После этого надо распахнуть дверь - должен начать мигать синий светодиод сигнализации. Если всё так, покидаем машину, захлопываем все двери и ... ставим на охрану. Мотор должен заглохнуть, а двери машины - запереться. Всё. Программная нейтраль выполнена.