При автозапуск срабатывает штатный датчик наклона Toyota Rav4 (XA50) + S96

Здравствуйте. Как именно Вы определили что срабатывает датчик наклона?

По звуку. Сирена стоит под капотом, сигнал там же, а этот звук идет со стороны заднего бампера.

Здравствуйте. По звуку Вы определили что срабатывает тревога штатной сигнализации или определили что срабатывает именно датчик наклона?

Штатная тревога может срабатывать от имитации открытия двери или от включения зажигания в охране. Рекомендую посетить установщиков для диагностики работы системы. Мастер проверит соответствие подключений и версий ПО информации на сайте, также как один из вариантов решения мастер может блокировать работу штатной сирены на время автозапуска.

Здравствуйте. 

В 50 кузове стоит отдельная сирена и датчик наклона, которые могут работать независимо от основной штатной сигнализации. Вот он то и срабатывал. На текущей момент проблему решил перерегистрацией всех меток. 

Но при этом пропала индикация GPS на главном экране приложения.

Команда 00492 помогла восстановить отображение GPS на главном экране.

Вообще не понятно, какая связь между манипуляциями и результатом.

Срабатывает штатная сигнализация при дистанционном запуске, перепрописываю метки и сигнализация перестает срабатывать, но при этом отваливается GPS, отдельной командой включаю GPS.

Здравствуйте.

Срабатывание штатной сирены, запись меток и работа GPS никак не связаны между собой. 

Для решения Вашего вопроса рекомендую посетить установщиков.