машина заводится и глохнет

Здравствуйте. При замене брелка не требуется переносить какие-либо микросхемы. 

При автозапуске задача брелка - только передать команду на запуск в блок. Далее центральный блок выполняет автозапуск. 

Если в Вашем случае автозапуск работает нестабильно, то нужно посетить установщиков для диагностики работы системы. Мастер начнет с проверки работы обхода иммобилайзера и проверки чтения системой статуса работающего двигателя.

При замене брелка не требуется переносить какие-либо микросхемы.

Похоже вместо  родного брелока Е90 (которые уже не производятся, насколько знаю) был куплен брелок Е93, прошивка которого  не подходит  и он не  может быть прописан в сигнализацию Е90.

Скорее всего именно с этой целью  (заставить работать неродной брелок) была пересажена  микросхема  микроконтроллера из одного в другой. Если работу выполнял опытный  специалист по ремонту современной электроники, то  в общем-то  рядовая операция. Вот только не знаю - насколько плата Е93 (ну или что там было куплено) подходит под микроконтроллер из Е90... Если брелок работает - отпирает,запирает и даже посылает команду на запуск - это победа (пересадка "сердца" брелока прошла успешно) и брелок ни при чем. 

Дмитрий написал - где надо искать  проблемы. Они на борту машины... Установщик в помощь. 

Так бывает - ПОСЛЕ того - не обязательно - в результате того. Просто так совпало, что  проблемы на борту машины случились  одновременно или чуть позже  проблем с брелоком...