​​Снял аккумулятор с машины Skoda fabia, теперь не работает брелок

Добрые день.

Особое внимание стоит уделить тому, что все брелоки нужно прописывать за один цикл. В противном случае, неперезаписанный заново брелок утратит работоспособность с вашей сигнализацией.

Так я не смогу включить режим охраны брелок же не определяется

Для чего вам включать режим охраны? Запись брелоков производится в режиме "снято с охраны".

спасибо получилось. А это нормальная ситуация или внутри блока сигнализация села батарейка?

Внутри центрального блока батарейка не предусмотрена.

Сигнализация имеет энергонезависимую память, однако, при просадке напряжения, скорее всего, произошёл сбой, приведший к описанной вами ситуации.