Здравствуйте. 

Это ограничение самого автомобиля. Производитель заложил в него такие алгоритмы. При включенном зажигании нажатия кнопок на ключе игнорируются. Вне зависимости от дополнительно установленной системы или даже в ее отсутствии.

Для разблокировки кнопок даже при включенном автозапуске нужно изменить подключения охранной системы и изменить логику работы штатных блоков автомобиля. Это ответственная работа. Мастер должен понимать все принципы работы системы и электроники. Не каждый установщик берется за реализацию такой функции.

Рекомендую обсудить возможные варианты с Вашим мастером.