стали моргать поворотники.

Здравствуйте. Что именно и для чего Вы обновляли? В какой момент ранее не мигали поворотники, а теперь мигают?

https://support.starline.ru/ru/communities/30/topics/61980-posle-obnovleniya-do-po-s4-pri-perehode-na-klyuch-morgaet-avarijnaya-signalizatsiya

При переходе на ключ после автозапуска

Здравствуйте. Что именно Вам обновляли? 

обновил модул 2CAN+LIN с 5.3.1 на 5.3.3 

ПО CAN никак не должно влиять на работу поворотников. Тем не менее, если на прошлой версии ПО поворотники не моргали, то прошу вернуться по месту обновления и использовать ПО прошлых версий.

Да, вы правы, ПО CAN действительно не повлияло на "работу поворотников". С ПО CAN 5.3.1 так же мигают при мягкой посадке после автозапуска. Основной блок был прошит ранее с S2 на S4.
Сейчас ужу вышло ПО основного блока S6 и S9, как там обстоят дела с мягкой посадкой?

Здравствуйте.

Если при передаче управления на ключ у Вас система моргает поворотниками, то нужно посетить установщиков. Установщики проверят настройки системы и, при необходимости, согласуют визит Регионального Представителя для проверки работы системы на автомобиле.