Не работает основной брелок.

Перезаписал в память по новой брелки и все заработало. Что это было?

Вероятнее  всего - посылка команды с брелока с уже садящейся батарейкой (в момент нажатия кнопки брелок "погас")... В итоге - система получила КОМАНДУ от брелока, но не получила от него ОТВЕТА "я свой" и... зАБЛОКИРОВАЛА его работу, как враждебного девайса, с которого пришла команда без подтверждения... Перезапись брелоков сменила шифры-коды и брелок снова стал работать. Но уже с новыми ключами шифра как новый девайс, привязанный к системе...
Однако - странно, что у Вас при этом не стал работать и воторй брелок

Нет, и на основном тоже никакой реакции.

Возможно - в нем тоже была полудохлая батарейка и команда просто не улетала (хоть и индикатор и моргал). Возможно, что перед переписью брелоков Вы сменили элемент питания и во втором брелоке...
(а когда не работает ни один из брелоков - то чаще всего - виновны не они, а модуль связи на стекле , в частности - плохие контакты в его разъеме - поэтому Вам и советовали передернуть разъем)...
В любом случае - рады, что у Вас всё заработало. И на будущее - меняйте элемент питания своевременно, а в резервном брелоке не элемент держите отдельно - не вставленным в него (если не пользуетесь им)...