Некорректная работа ручного тормоза

наоборот если его поднять, брелок говорит, что ручник опущен

Так и говорит? Или все же нет отображения "ТОРМОЗ"?

Все правильно у вас отображается: наличие символа "ТОРМОЗ" на брелоке говорит о не затянутом (опущенном) ручнике, как предупреждение.

Двигатель не глохнет, потому что не видит двери
Зачистите концевики, это болезнь 2109:)

xameleon_ur, здравствуйте. Вам всё верно написали.

1) 

наличие символа "ТОРМОЗ" на брелоке говорит о не затянутом (опущенном) ручнике, как предупреждение.

когда он поднят (всё выполнено корректно) - надписи нет. Она есть - если что-то НЕ ТАК, как должно быть (на МКПП "не брошен якорь" - НЕ ПОДНЯТ РУЧНИК).

2) Ваша проблема

После выполнения програмной нейтрали, достаю ключ, закрываю дверь и ставлю авто на охрану - двигатель не глохнет. В чем может быть причина? 

заключается в том, что сигнализация НЕ УВИДЕЛА, что Вы покинули автомобиль (не поняла, что дверь открывалась и закрывалась). 

Двигатель не глохнет, потому что  (сигнализация) не видит двери

 И она лечится  просто 

Зачистите концевики, это болезнь 2109:)

или, что гораздо лучше - ЗАМЕНИТЕ КОНЦВИКИ в проемах дверей (хотя-бы водительский) - на новые.

А в дальнейшем - обращайте внимание на ПОВЕДЕНИЕ СВЕТОДИОДА:

-подняли ручник и вытащили ключ - мотор работает - СВЕТОДИОД СВЕТИТ НЕПРЕРЫВНО

-открыли дверь - ЕСЛИ КОНЦЕВИК СРАБОТАЛ, то светодиод должен НАЧАТЬ МИГАТЬ (если не мигает - пошевелите концевик и добейтесь, чтобы замигал, а на ум возьмите, что пора ехать в магазин за новым)

-вышли, захлопнули все двери - светодиод ДОЛЖЕН СНОВА ЗАСВЕТИТЬ НЕПРЕРЫВНО

-вот теперь ставьте на охрану - всё у Вас будет - как должно быть.

Удачи.

большое спасибо, поменял концевики и все заработало как надо