Не выключается двигатель при поднятом ручнике

либо отказаться от автозапуска вообще, либо сначала глушить, а потом на ручник ставить. 

Почитайте инструкцию. Раздел про подготовку к автозапуску на МКПП и программную нейтраль.

Значит это все-таки связано с автозапуском. В инструкции не нашел полного отключения функции автозапуска. Есть ли какая-то комбинация кнопок на брелоке, что полностью отключить эту функцию?

Или предохранитель силового блока запуска вытаскивать, или к установщикам заехать чтоб отключили в первой функции второй таблицы программирования.

Понятно. Спасибо за ответ.