Здравствуйте. 

1. Гидроник включается и показывает на пульту(штатном) r02s т.е. 3 минуты. Далее пищит что сейчас выключится, типа выключается и далее при нажатии 3й кнопки уже показывает 68 минут. Хотя отрабатывает как положено 20 минут.

2. Завёл машину, поехал и тут сообщение на программу "не забудьте поставить машину на охрану". Но ведь заводится то нормально дистанционно О_о

Еще что-то было, позже вспомню.

3. Пропало оповещение "ключ в зажигании" но в программе значёк ключа есть, впринципе радует.

Здравствуйте. Что именно обновили в системе и каким образом?

Прошивку основного блока до GK74-T6

через програматор 

Рекомендую вернуться по месту обновления для проверки работы отопителя и оповещения о ключе в замке.