Закрыл багажник, закрылось авто.

Снимаешь с сигнализации, открываешь багажник, закрвывешь крышку багажника и автомобиль закрывается.

У сигнализации есть функция "автовозврат в охрану ПО НЕОТКРЫТИЮ ДВЕРИ" через 30 сек.  То есть если  после снятия с охраны не будет открыта ни одна дверь - БАГАЖНИК НЕ В СЧЕТ!!! - то через 30 сек сигнализация вернется в охрану... Так же она поступит, если даже дверь открывалалсь, НО  У ЭТОЙ ДВЕРИ НЕИСПРАВЕН КОНЦЕВИК!!! Ведь у сигналки нет глаз и ушей. И она не может увидеть открытие двери. Она может отследить СРАБОТЕКУ КОНЦЕВИКА. И если концевик не срабатывал, то для сигнализации ДВЕРЬ НЕ ОТКРЫВАЛАСЬ!!!

Проблема возникает время от времени. Может раз у день, может раз в неделю.

Если совпадает так, что  Вы угадываете с хлопком крышкой ровно через 30 сек, то удивляться не надо. Особенно - если дверь Вы не открывали. Если дверь открывали,  а сигналка всё равно возвращается в охрану - меняйте концевик той двени, что октрывали,Я а сигнализация не увидела (иногда) её открытие.

Если Вам время от времени надо что-то забирать из багажника, то куда корректнее было попросить установщиков реализовать функцию ОТПИРАНИЕ БАГАЖНИКА С БРЕЛОКА.  При этом сама машина не снимается с охраны, только  отключается датчик удара и отключается тревога по зоне багажник... И копошиться в нем можно сколько угодно. Как только Вы хлопаете крышкой обратно - увидев размыкание концевика - сигналка берет зону багажника под охрану и включает датчик удара...

Сегодня поехал к дому. Пошёл открывать ворота, машину на ручник поставил и не глушил. Открыл ворота, подхожу к авто, а она закрыта и продолжает работать.

Здесь сложно делать какие-то выводы и предположения... По идее - охрана или запирание машины произорйти не должны были. И возможно машина заперлась не сигнакой, а штатным ЦЗ из-за каких-то проблем в схеме ЦЗ машины... Особенно - если ей лет 10 или больше. Там могут быть проблемы в электрике и электронике самой машины.

Загнал, заглушил, вышел и смотрю на брелке дым отображается, хотя машину уже заглушил.

Брелок показывает то, что он видел при последнем сеансе связи с главным блоком. Если нажать любую кнопку, чтобы брелок пообщался с блоком сигналки - инфа на экране обновится. Если бы Вы увидев  дымок при уже неработающем моторе - нажали кн.3 например (самая безопасная кнопка) - дымок бы с экрана пропал бы.

Поставьте эксперимент при снятой охране:

посмотрите - на экранчике нет мигающей дверки? А если теперь распахнуть любую дверь машины - дверка замигала на экране? НЕТ? А почему - ведь дверка распахнута! А если теперь нажать например кн.3 на брелоке? Оп-ПАНЬ-КИ! Смотри-ка - теперь дверка на экране брелока мигает! А теперь давайте захлопнем все двери. И что? Они все захлопнуты, а на брелоке дверка как мигала, так и мигает - типО дверка ОТКРЫТА! А еже-ли теперь снова ткнуть кн.3? ОГО! Дверка-то пропала с экранчика! Давайте снова откроем дверку - а на экранчике ничего нет и не будет, пока мы снова кн.3 не нажмем.  И так всегда - брелок пообщался с сигналкой - узнал текущее положение дел. Но если после этого в машине что-то поменяется - брелок этого НЕ ПОКАЖЕТ. По крайней мере до тех пор, пока снова не пообщается с сигнакой и машиной...

Более точные диагнозы Вам могут поставить, если Вы обратитесь ВЖИВУЮ к грамотным установщикам сигнализаций. Они смогут поставить ряд экспериментов не виртуальаных, а своими руками глазами...

У сигнализации есть функция "автовозврат в охрану ПО НЕОТКРЫТИЮ ДВЕРИ" через 30 сек. То есть если после снятия с охраны не будет открыта ни одна дверь - БАГАЖНИК НЕ В СЧЕТ!!! - то через 30 сек сигнализация вернется в охрану... 

Вс правильно, но при этом сигнализация подас звуковой и световой сигнал. А тут она молча закрывает машину. 

Возможно как вы и сказали причина не в сигнализации а в центральном замке и багажник и сегодняшний случай связан именно с ним. 

P. S. конечник водительской двери работает. Он у нас двоиной (двухконтактный). Один контакт на освещение салона, другой связан с магнитоллой и наружным освещением (пищит если что то включено при открытии двери) 

Если Вам нужны точные диагнозы (а заодно и квалифицированное лечение), то машину надо показывать ВЖИВУЮ. Гадать заочно не вариант.