Автовыключение двигателя после автозауска через заданное время происходит не каждый раз.т.е. двигатель продолжает работать.Брелок в это время показывает что двигатель заглушен.Если глушить вручную т. е кнопками брелка то двигатель глохнет.Прошу помощи.

С высокой степенью вероятности некорректно выполнены важные подключения. Осмотр монтажа и контрольные проверки профессионалом дадут однозначный ответ и лечение им же будет проведено. А заочно могу предполагать, что скорее всего контроль работы мотора сделан "по напряжению" бортсети, а это в корне неверно для МКПП, особенно если учесть в в Вашем автомобиле есть полноценный ТАХОсигнал, по которому сигнализация определяет корректно - заведен мотор или нет, работает он или нет, надо его глушить или нет...

Если у Вас иногда случается такое, что при запуске с брелока Вы получаете сообщение - дымок о работе мотора, а когда приходите к машине - видите, что мотор НЕ РАБОТАЕТ, А ЗАЖИГАНИЕ ВКЛЮЧЕНО, то тогда точно проблемы с контролем работы мотора...

Но возможны и "эксклюзивные ошибки". Обратитесь по месту установки или к грамотным установщикам.