Starline s96 не всегда запускается с ДЗ

Ну так очевидно же - неверно  (некорректно, плохо, неполностью) сделана имитация педали. Сигналка то "нажимает" её, то  НЕ НАЖИМАЕТ. Когда машина не видит в проводке сигнала "педаль нажата" - она не заводится. Ройте вокруг подключений, сделанных к педали.

Ничего сложного в схеме подключения провода имитации нет. Проверено все было на днях, перепаян новый резистор, проверена пайка на педали, проверено все мультиметром, все везде идеально. 

Ничего сложного в схеме подключения провода имитации нет.

Так то оно так, но "дьявол кроется в ДЕТАЛЯХ". Если бы  было все везде идеально то  заводилось бы на УРА сигналкой. А раз 

Проводил эксперимент - садился в машину без ключей и метки, закрывал дверь(авто с бесключевым доступом), машина вставала в охрану, я с телефона активировал ДЗ, ,и в момент когда надо нажать на педаль тормоза я сам на нее нажимал и машина заводилась.

вывод-то очевиден - НОГОЙ Вы  даете разрешение пуска машине, а вот тем, что Вы напаяли на провода педали - нет...

Проверено все было на днях, перепаян новый резистор, проверена пайка на педали, проверено все мультиметром,

Проверяйте еще раз. Что-то не так. Если всё делали по "мурзилке" с картинками, то могу сказать - в КАРТАХ МОНТАЖА, даже "фирменных" нет-нет - а встречаются неточности и даже откровенные ляпы. Вы сначала разберитесь - что происходит на проводах педали и в самой кнопке на педали при её нажатии ногой. Потом на возможностях сигналки делайте ровно  то, что делается при нажатии педали...

Машина с МКПП или с АКПП?

Если с МКПП, то  советую делать имитацию педали СЦЕПЛЕНИЯ по схеме отсюда

https://install.starline.ru/file.php?key=f87dff299f71e119dc4f073a994683a2

Если с АКПП, то  лучше не через резистор подавайте плюс, как тут

https://install.starline.ru/file.php?key=0cd963c56966ba806916fb66fe3fd8b4

А снимите фишку с педали и прозвоните мультиметром  - что происходит внутри микрика  педали при её нажатии и что на  контактах её микрика при ненажатом состоянии. Затем полноценно дублируйте  педаль, имитируя с помощью реле происходящее внутри педали при её нажатии.

Авто с АКПП, идёт имитация на тормоз, была с МКПП была бы имитация на сцепление. Да согласен в схеме может косяк, но повторюсь она иногда заводится, если бы она вообще никогда не заводилась , то был бы очевидный косяк в схеме. Имитация идёт через массу. Не скажите, зачем, вообще, резистор в этой схеме, я думаю, что это из-за светодиодных стопорей, но могу ошибаться? да, буду пробовать прозванивать педаль.

Да согласен в схеме может косяк, но повторюсь она иногда заводится, если бы она вообще никогда не заводилась , то был бы очевидный косяк в схеме.

Сопротивление резистора подбирайте. При колебаниях температуры сопротивление меняется и ... то заводится, когда сопротивление  нравится машине, то не заводится, когда сопротивление  имеет такое значение, что не соответствует требуемому...

Не скажите, зачем, вообще, резистор в этой схеме, я думаю, что это из-за светодиодных стопорей, но могу ошибаться?

Вы ошибаетесь. Плакат  от сигналки попроще посмотрите  - куда и как ставится резистор при светодиМодных фонарях.

https://support.starline.ru/uploaded/file/13469/2/35988/e7125cb2adb9d25c8175166d6ed1ee46.pdf

Почему этого нет  на плакате из  коробки с S96? Потому что предполагается, что системы шестого поколения ставят грамотные установщики с опытом и знаниями, нажитыми за долгие годы установки систем попроще и которые  внимательно изучали  не только плакаты из коробок этих систем, но и  много еще чего. 

А резистор этот нужен, потому что .... ТОЧНО ТАКОЙ ЖЕ РЕЗИСТОР есть  внутри  включателя на педали СТОП и при её нажатии он подключается к мозгам машины. Сигналка нажать тормоз не может, поэтому она к мозгам машины подключает свой резистор, повешанный на провод , идущий к мозгам.

да, буду пробовать прозванивать педаль

Если правильно прозвоните - резистор там найдется...

Проблема, кажется, в лягушке тормоза. Когда шевелю ее за разъем авто заводится. Со снятым разъемом тоже заводится. 

Ну так я им говорю: дьявол - он в ДЕТАЛЯХ.