фокус 3 мкпп и ключ

при постановке авто на автозапуск машина не глушится родным ключом,

Вы наверное имели в виду, что  НЕ СТАВИТСЯ НА ОХРАНУ кнопками на родном ключе, то есть не срабатывает  ЦЗ машины, а уже как следствие -  и мотор не глушится (так как он должен заглохнуть после постановки на охрану.

УВЫ. Это из-за того, что  ШТАТНО  так задумал автопроизводитель - КОГДА ЗАВЕДЕН МОТОР - кнопки на ключе не работают...

Можете убедиться - заведите мотор и сидя в машине понажимайте кнопки - реакции ЦЗ машины не будет. Но стоит заглушить мотор - и кнопки снова работают...

приходится глушить с приложения.

Неплохо бы еще и про модель сигнализации хоть что-то писать при описании проблемы... Можно предполагать, что наверное речь про S96v2...

как исправить?

Вариантов несколько.

1) Нажимать  для постановки на охрану не кнопки на ключе, а кнопку на метке от S96v2. Это проще, чем лезть за телефоном... Метку Вы должны носить с собой так и так...

2) запрограммировать в настройках сигнализации ЗАВЕРШЕНИЕ ПРОГРАММНОЙ НЕЙТРАЛИ ПО ЗАХЛОПЫВАНИЮ ДВЕРИ. Недостаток - придется привыкать к  тому, что  открыв дверь - её нельзя закрывать, пока не заберете всё (вещи) и всех (детей)  из машины и её не покинут все взрослые пассажиры. Только после этого можно будет захлопнуть водительскую дверь.

3) Купить и установить в ручку двери сенсор ЕС-1

 https://store.starline.ru/catalog/dopolnitelnoe_oborudovanie/starline_ec1/

 и запирать машину касанием сенсора. Недостатков нет, кроме трат на сенсор и возни с разборкой-сборкой двери и  установкой сенсора в ручку с протягиванием  проводов в дверь к сенсору и подключению сенсора к сигнализации.

4) Нарыть подробные схемы от  автомобиля и попробовать обмануть штатную электронику  управления центральным замком - найти - что порезать или замкнуть в проводке машины, чтобы кнопки на ключе стали работать  и при заведенном моторе тоже. Из недостатков - необходимость серьезного мозгового штурма с необходимостью глубоких познаний в электронике вообще и в принципах работы электроники на борту конкретно этой модели-марки машины.