При открытии машины из приложения, остаётся закрытым багажник

Не зная - о какой машине (марока-модель-год) и о какой модели сигнализации (буквы-цифры) идет речь, а так же о том - каким образом реализовано управление ЦЗ - через CAN или аналоговым способом, если-ли в машине штатная сигнализация, используется-ли SLAVE-режим - ничего определенного сказать - как решать такую проблему - нельзя...

Да и в любом случае парой-тройкой настроек такое обычно не решается. Потребуются либо дополнительные подключения, либо  изменение кодировок автомобиля и ряда настроек сигнализации,  либо весь комплекс мер. Всё индивидуально и правильнее такое решать не по переписке, а ВЖИВУЮ. Если сигнализацию устанавливали установщики, то надо ехать к ним и решать проблему  в рамках гарантийных обязательств на их  работу.

Если же все делали сами, то  нужны подробности - что, во что и как. Если еще и сигналка шестого поколения, то  нужен еще и файл настроек. Тот, что с расширением .SLC. Тот, что  формирует прграмма StarLine МАСТЕР при нажатии "гашетки" СОХРАНИТЬ В ФАЙЛ.