Туарег 2 NF, Starline S96, ошибки в блоках при автозапуске

Можно ли как то этого избежать?

Можно. 

Варианты:

1) Убрать все цепи  с использованием бесключевого обхода иммобилайзера. Установить ЧИПово-ключный  обходчик, положить в него один из ключей от машины. Сделать схему запуска через замок  зажигания имитацией сработки его цепей с активацией  этого обходчика..  То есть фактически сделать ШТАТНЫЙ запуск мотора через штатные цепи. При такой переделке (если всё сделать без ошибок - никаких ошибок в системе самодиагностики не будет  и будет МЯГКАЯ ПОСАДКА)

2) Перепроверить  все свои подключения  в схеме бесключевого обхода, устранить все ошибки и несоответствия  как в подключениях, так и в настройках и .... запрограммировать  в настройках  раздела "запуск двигателя" ГЛУШЕНИЕ ПРИ СНЯТИИ С  ОХРАНЫ.

При таком варианте НЕ БУДЕТ МЯГКОЙ посадки,  После запуска штатно ключом от машины (сев в нагретую, но заглохшую при снятии с охраны) всё в ней будет функционировать. Но в системах самодиагностики ошибки висеть будут. Потому что это появляется из-за подключения сигнализации в обход замка зажигания,

Что касается

Можно ли при бесключевым обходе иммо, сделать подключение через замок зажигания, будет ли нормально работать?

то ответ прост до безобразия - электронный бесключевой обход гарантировано работает только по той самой схеме, что размещена на сайте в разделе про бесключевой обход иммо.  С другими вариантами  силовых подключений работа не гарантируется и даже может привести к выходу из строя  или как минимум к серьезным проблемам в электронике машины...