Starline s96 v2 работа ЦЗ на Ситроен С4 седан 2013

Не работает постановка на охрану штатным брелком если двигатель запущен.

 Если под "штатным" Вы подразумеваете КЛЮЧ от машины (в составе S96   в стандартной комплектации есть только МЕТКА и управление со СМАРТФОНА), то и не будет, потому  что в машине не работает управление ЦЗ кнопками на SMRT-ключе автомобиля, если мотор заведен - без разницы кем - сигналкой или владельцем вручную. Так заложил производитель автомобиля. ТипО  - если мотор заведен и машина заперта, значит владелец внутри машины заперся и надо никого не пускать снаружи.

Так же если двигатель запущен с АЗ с брелка невозможно снять с охраны.

Если Вы всё про тот же КЛЮЧ от машины и кнопки на нем, то  ответ уже дан выше.

SLAVE (запирание машины штатными кнопками на СМАРТе-ключе машины  и постановка на охрану StarLine) будет работать тьолько при заглушенном моторе/выключенном зажигании.

Если я ставлю или снимаю с охраны приложением то ЦЗ приходится открывать брелком.

Вот тут не понял. Вы хотите сказать, что при постановках-снятиях охраны со СМАРТФОНА у Вас ЦЗ машины не управляется? Если ДА, то значит Вы  во ТУТ https://can.starline.ru/43/9/6648 не прочитали  о том, что управления ЦЗ через шину cAN по Вашему автомобилю НЕ ЗАЯВЛЕНО и надо или делать АЛЬТЕРНАТИВНОЕ подключение (специального канала сигналки, торчащего из разъема рядом с проводами CAN) к кнопке ЦЗ в салоне или, что более правильно -  двух выходов-каналов к низовым цепям "закрыть" и "открыть" в проводке автомобиля... 

Подскажите куда копать?

в сторону аналогового подключения выходов сигнализации, отвечающих за управление ЦЗ к низовым цепям в проводке авто, запретив управление через CAN полностью.

Системы шестого поколения  изначально не предназначались для самоустановки в силу наигибчайшей как архитектуры входов-выходов (которые практически все переназначаемые), так и структуры программирования их назначения и логики работы.  А ложное представление о том, что CAN-это халява ("примотал питание и шину cAN и всё работает") только усугубляет ситуацию...

Установка современных систем охраны давно переросла формулу "просто примотай десяток проводов и дело в шляпе"...

Можно подробнее о гибкой логике? Есть таблица с данными для программирования альтернативной работы цз но не могу разобраться куда это всё вбивать. В общих чертах понимаю но хотелось бы увидеть пример от которого можно отталкиваться.

Можно подробнее о гибкой логике? В общих чертах понимаю но хотелось бы увидеть пример от которого можно отталкиваться.

В двух словах Вас НЕ ОБУЧИТЬ этой премудрости. Но есть спасение. Набираем в строке поиска баузера слова "ВЕБИНАР по гибкой логике StarLine" и смотрим видеоуроки.

Если так ничего и не выйдет - всегда можно  ВЖИВУЮ воспользоваться услугами ПРОФЕССИОНАЛОВ. Просьба не путать с мастУрами-проводокрутами...