Автопостановка на охрану с открытым багажником.

1) Вы установили сигнализауию САМОстоятельно? Тогда не удивляйтесь, если модераторы перенесут Ваш вопрос в раздел для САМОустановщиков https://support.starline.ru/communities/10-samostoyatelnaya-ustanovka .

2) Что касается 

Включена автопостановка на охрану после выключения зажигания.
Закрыл все двери, но багажник открыт. Звучит сигнал начала отсчета времени на автопостановку на охрану. Включается охрана с сигналом о пропущенной зоне багажника. Когда хлопаю багажником, срабатывает датчик удара.

то всё так и будет - ПРИ АВТОПОСТАНОВКЕ, как впрочем и при ПЕРЕпостановке - сигнализация СЛЕДИТ ТОЛЬКО ЗА своим ВХОДОМ "контроль дверей". Зоны капота и багажника она игнорирует (если они открыты - автопостановку не отменит). Единственное - при такой постановке (с отрытытм капотом и/или багажником) - она крякает 4 раза (вместо одного) и рисует  на брелоке - какую зону не смогла взять под охрану. Затем, при захлопывании у=виде разрыв концевика - берет зону под охрану. 

как её научить игнорировать открытый багажник (но только при автопостановке на охрану)? Это как-то программируется?

При такой постановке вопроса - никак.

Придется или отказаться от ОТДЕЛЬНОЙ  зоны БАГАЖНИК (для Ларгуса это логично кстати - салон-то ОДНООБЪЕМНИК), подключив  его концевик в контур дверей (можно кстати ОБЪЕДИНИТЬ  сине-черный и оранжево-белый провода и их прицепить через диодную развязку ко всем концевикам кроме капотного)...

Или колхозить  что-то на гибких каналах с блокировокой работы датчика удара... Ну если Вам так принципиален ОТДЕЛЬНЫЙ вход багажника...

Спасибо - все предельно понятно.
Добавлю багажник к дверям .. там же на самом деле - двери :) .