нужно ли делать сброс до заводских настроек?

После обновления основного блока A93, нужно ли делать сброс до заводских настроек?

Да, обязательно, иначе неадекватно будет работать сигнализация. Затем все настроить.

В авто установлены 2 реле R2 и одно R4. Отвалятся они после обновления? Нужно ли их будет регистрировать заново?

Вроде не должны отвалиться, если брелоки не перезаписываются.

Дозвонился в ТП- сказали, что не нужно. Надеюсь, пройдет успешно)

Обновил центральный блок- привязка к реле R2 и R4 осталась. 

После обновления (версия блока обновилась до S9) наблюдается проблема с реле R4. При снятии с охраны иногда не снимается блокировка, замок капота открывается, но блокировка снимается только после повторного снятия с охраны. Также не снимается блокировка после снятия охраны с помощью пин кода- охрана снимается, реле R2 разблокируется, реле R4 открывает замок капота, но блокировку не снимает. После снятие- накидывание клеммы аккумулятора, блокировка снимается.

Ну значит - вернуть старую прошивку и посмотреть. Если отваливаться перестанут, то есть несовместимость  прошивок... Если так и будут отваливаться, то... придется перепривязать попробовать...

Если и это не поможет, то ...

Это к вопросу - а стоило-ли оно того - это самое ОБНОВЛЕНИЕ. Сигнализация - это не айфон. Она внедрена в проводку машины, а Вашем случае - совместно с ней еще куча доп. устройств внедрено.  Они представляют все вместе ЕДИНОЕ И НЕДЕЛИМОЕ теперь.. И всё это должно жить В СИМБИОЗЕ.  А обновление ПО чего-то одного неизбежно что-то изменит в этом симбиозе. Часто - не в лучшую сторону...