Ford Explorer 2013 и Starline S96

Все же возможно установить на Ford Explorer 2013 года сигнализацию S96 и не использовать обходчик иммо и не оставлять в авто второй ключ.

Пока нельзя. Подробности ТУТ Напротив  "обход иммобилайзера" точки нет... 

Значит если нужен автозапуск, то:

Либо придется устанавливать ЧИПово-ключный обходич и прятать в нем ключ (или дописанный в память мозга мотора ЧИП), 

Либо использовать электронный обходчик FORTIN EVO ALL или i-Data-Link StartCAN

Где-то пишут, что установить получилось, где-то, что нет.

Не исключено. что кто-то из установщиков перепробовал прошивки ОТ ДРУГИХ ФОРДОВ, для которых электронный обход заявлен и  у него получилось сделать обход по коду другого автомобиля ОТСЮДА..Но это его ноу-хау и что за автомоиль надо подсовывать глупой сигналке вместо Вашего - знает только он... 

У меня в авто реализован штатный автозапуск с ключа. Можно ли использовать как-то эту систему?

Только  в его первозданном виде - заводить кнопками на ключе...

Вывод - ищем такого установщика, который возьмется установить S96  с обходом иммо через встроенный адаптер цифровых шин без сторонних обходчиков и прятаний ключей/ЧИПов... Если такого не найдется, то переходим к плану Б - установке в обходчиком...