LADA Kalina lux 2009 перестал работать автозапуск.

К сожалениюю - дистанционно проблему не диагностировать, а значит и не вылечить. Тем более - Вы не указали - на каком именно шаге программной нейтрали происходит сбой... Причин может быть не одна.

Но самая главная - этото, что у Вас СКОРЕЕ ВСЕГО  не StarLine A91, а ... бессовестная подделка НИЗЧАЙШЕГО КАЧЕСТВА. Настоящие А91 прекратили выпускать в конце 2014 года. не думаю, что какая-то из них ждала Вас около 4 лет, завалившись за полку в магазине (это  при том, что в период их выпуска они разлетались, как горячие пирожки в морозный день)...

А подделки, к сожалению - живут своей жизнью, ремонту-восстановлению не подлежат и сервис-центры Ултрастар их не чинят. Дохнут после первой же зимы по причинам  того, что сделаны из деталей, не рассчитанных на морозы, броски напряжений и другие воздействия, которых не избежать в автомобиле. Более того - нередки случаи ЗАЛИПАНИЯ реле, отвечающих за включение миганий, зажигания, стартера (ибо реле поставлены китайчатами в угоду удешевлению на заниженные токи коммутации!!!). В первых двух случаях засады аккумулятора не избежать. В последнем машина может саморпроизвольно поехать сама на передаче  или, если будет на нейтралке, то побитый венец маховика и сгоревший стартер - тоже удвольствия не из приятных...

Самое разумное - если у Вас реально подделка (а вероятность этого стремится к 100%) -  самое разумное - немедленная ампутация сего чЮда и установка в машину НАСТОЯЩЕЙ A93. Только опять на ПОДДЕЛКУ не нарвитесь. Есть информация, что китайчата и более похожиен варианты делают...

Спасибо за развернутый ответ, я просто одновременно регестрировался и писал тему на форум, поэтому не там уточнил модель сигнализации. Она A93, нейтраль не работает во время поворота ключа, автозапуск не поддерживает зажигание, на брелке во время включения нейтрали, информируется о работе двигателя. Самое не обычное, то что иногда нейтраль работает, но очень редко.

Ну раз у Вас всё-таки А93, то  возможные причины:

нейтраль не работает во время поворота ключа, автозапуск не поддерживает зажигание, на брелке во время включения нейтрали, информируется о работе двигателя. Самое не обычное, то что иногда нейтраль работает, но очень редко.

1) Вы в момент вытаскивания ключа ДЕРЖИТЕ  ногу на педали СТОП и тем самым глушите мотор (А93 позволяет контролировать не только ручник, но и педаль СТОП и хороший установщик делает оба подключения)

2) У Вас неккорректно сделано подключение сине-красного провода сигнализации  к цепи ручника. Без установки ДИОДА в штатный провод лампы. Так как ЗДЕСЬ и на установочном плакате из коробки рекомендовано 

3) у Вас неверно сделан "контроль работы двигателя" - не сделано поключение серо-черного провода сигнализации, либо неверно выбрана цепь для его подключения, либо настройка  варианта контроля не соответствует сделанному подключению.

4) сбиты настройки автозапуска (например сборосом на заводские настройки), прямо или косвенно влияющие на стабильность запуска...  

Рекомендую посетить грамотного установщика сигнализаций, чтобы он с высоты своего опыта и знаний проверил все мои предположения (либо нашел ДРУГИЕ причины) и устранил все несоответствия.