сигнализацию к витцу 2012

Подключил сигнализацию к витцу 2012 года с кнопкой старт-стоп, 

Еще бы указать -  какую именно модель сигнализации  подключили (буквы и цифры полностью с торца коробки, где зеленая галочка проставлена)

Например как тут

в подключении модуля 2can+2lin указано что автозапуск будет только при подключении линии rx tx, 

Да, если машина в кузове 130 и выше. И если она приехала с Японского острова..

У Вас  какой кузов. И откуда приехала машина?

однако в соответствующей фишке провода отсутствуют, 

Такое бывает нередко.  Зависит от комплектации машины. В бедных часть не бывает.Требуется добавление донорных ПИНов (это лучше) или просто (подтыкание" оголенных жилок в разъем вместо  пинов через отверстия в разъеме.

и автозапуск работает при отключенных данных проводах.

По RX/TX в этих машинах как правило  управление всякими допами во время работы мотора. Для обхода иммо вполне может хватить только CANа... Но лучше бы  на это не надеяться и  RX/TX тоже подключить, причем без ошибок...

Вопрос в работе штатной системы - она не работает,

О какой из штатных СИСТЕМ речь?

О штатной ОХРАНЕ? 

О работе ЦЗ?

О каком-то штатном запуске?

О чем-то другом ШТАТНОМ в машине? О чем?

т.е. при постановке на охрану при помощи штатного брелка ничего не происходит,

1) У Машины нет штатного БРЕЛКА. У машины есть СМАРТ-ключ системы бесключевого доступа и запуска автомобиля.

2) Совсем ничего не происходит?  Ни двери не запираются от нажатия кнопок на СМАРТе, Ни мотор не заводится вручную, если  СМАРТ внести в салон?

3) Или  всё-таки машина запирается, а вот StarLine при этом в охрану не встает?

также если поставить на охрану брелком starline и открыть дверь при помощи штатной сигнализации... 

То есть  ОТПЕРЕТЬ кнопками на СМАРТ-ключе машины всё-таки можно?

- с охраны не снимается. Режим слейв активирован. Кто может подскаать в чем проблема?

RX/TX для начала подключите, как положено. Потом напишите - что-нибудь изменилось в совместном поведении  между сигнализацией и машиной...