Honda fit GG7 SmartKey S96v2

Здравствуйте! Как реализовать запуск двигателя через центральный замок без штатного брелка иммобилайзера (пришёл с телефоном в качестве метки, сел за руль, повернул "барашек", завёл и поехал)? 

Если коротко - никак. По крайней мере - безопасно для электроники машины и  безопасно с точки зрения угона.

Сейчас приходится таскать с собой штатный брелок и метку.

Именно эти два "огромных" и "тяжеленных" (практически  НЕПОДЪЕМНЫХ) предмета и надо "таскать" с собой, чтобы  полноценно  пользоваться и автозапуском и бесключевым доступом, совмещенным с режимом SLAVE...

Автозапуск работает корректно. 

Замечательно.

Функция "мягкой посадки" работает.

Прекрасно. Чтобы  барашек повернулся - надо разблокировать электрозащелку руля. Для этого  машина должна увидель свой СМАРТ-ключ (названный Вами штатным брелком). Поэтому его  точно носить придется. Ну или  надо выломать собачку электрозащелки из рулевой колонки... Тогда  "вертушок" будет  поворачиваться кем угодно и в любой момент...

Штатным брелком ставится на охрану. при снятии с охраны штатным брелком

 (допишу - снимается с охраны и отпирается)

Это работает режим SLAVE.

по истечению 10-15 секунд требует наличие метки, без нее встаёт на охрану.

Правильно  делает. Значит в настройках задано ТРЕБОВАТЬ показать метку, подтвердив,  что в машину полез владелец, а не  угонщик с УДОЧКОЙ (она же  ретарнслятор смарт-ключа, она же радиоудлиннитель радиоканала, она же ВОЛНА-2).

Можно конечно выключить в настройках сигнализации требовать показывать метку. Но тогда на машине после автозапуска сможет  поехать  любой угонщик, вскрывший дырявую штатную охрану Хонды УДОЧКОЙ, особенно - если и с поворотом барашка(вертушка) у него проблем не возникнет по причине выломанной собачки... 

Подключение по CAN и LIN в параллель. 

Ну без этих подключений вообще ничего работать не будет или надо будет  кучу каналов подключать к низовым цепям и прятать ключ в ЧИПово-ключном обходчике для автозапуска...

Серый провод массы, сигнализирующий о наличии ключа в скважине, не подключен к сигнализации.

Ну если  тревоги шатки при автозапуске нет, то и не надо.

Автомобиль Honda fit shutle 2013г кузов GG7. 

Хороший автомобильчик.

Рекомендую носить с собой два предмета - 

1) СМАРТ-ключ от машины

2) штатную МЕТКУ от сигнализации.