Starline e96v2 снимается с охраны во время автозапуска (двери не открываются),а после автозапуска встаёт в охрану

Информации для анализа мало.

Что за машина? Марка-модель-год, где произведена.

Тип силовой установки под капотом (бензин, дизель, гибрид, электричка).

Тип КПП (АКПП, МКПП, АМКПП, CVT). 

Чем заводится вручную? Замок зажигания с ключом с жалом, вертушок Intellegen Key, кнопка Start-Stop

По каким дидактическим материалам произведена установка сигнализации в машину? Ссылки (это лучше) или хотя-бы скрины схем.

Файл настроек  сигнализации в формате SLC .

судя по другим темам там мерин. И некий блок запуска. И при начале запуска проходит команда снятия с охраны штатки. ну а дальше слэйв скорее всего работает. 

Решение тут только одно - запрет снятия по слэйву без метки рядом с машиной. тогда пока метки нет - команда будет проигнорирована.