Audi a6 C5 включается зажигание после того как заглушишь без ручника

Не видя своими глазами наделанного в машине, ЗАОЧНО можно сказать только одно - допущены ошибки (скорее всего не одна) при подключениях и/или настройках...

Или ищите свои ошибки  сами или ищите того, кто ВЖИВУЮ перепроверит наделанное Вами.

Что за диод и зачем Вы подключали  на какой-то пин 13 какой-то зеленой фишки -  загадка.

Ни схем, ни  подробностей: что-куда-как -ЗАЧЕМ... 

У нас тут с экстрасенсами туговато. Все они на ТНТ подались. Им там интереснее...

зажигание после выключения его, опять включалось на некоторе время и выключалось. В просторах интернета была найдена эта статья о диоде и он был подключен согласно этой схемы https://support.starline.ru/knowledge-bases/2/articles/1295-podklyuchenie-k-ruchnomu-tormozu, но ничего не изменилось, пробовал подключать возле самого концевика  ручника также в разрез провода, но ничего не изменилось. 

Управление цз было подключено через силовые выходы сигналки к проводам от разъема замка в водительской двери которые выходят в коричному колодку возле водительских ног это коричнево-желтый и зелено-синий провод. Смотрел схемы подключения именно под свое авто и у все разные провода подключения цз.  Концевики дверей были сделаны через диоды.  ЦЗ стал работать, с брелка двери открывались и закрывались, но после того как заглушил принудительно машину когда она работала на автозапуске и снимаю с охраны, открываются все окна. А также с автозапуска мигает значок иммобилайзера, модуль обхода был установлен ВР-04, подключен по первому варианту установки https://www.sl-alarm.ru/downloads/starline-bp-04-install.pdf?ysclid=m501p28ye7239159025, 2 ключ которые в модуле к иммобилайзеру привязан, машину заводит, значок мимо при включении зажигания сразу гаснет. 

Стало немного понятнее, но всё равно не без загадок.

Судя по всему - машина с МКПП.

зажигание после выключения его, опять включалось на некоторе время и выключалось.

такое действительно  бывает, если в РАСКУС штатного провода, идущего от ручника к лампе на приборной доске  не установить диод, как нарисовано на плакате из коробки с сигнализацией (с обратной стороны плаката)...

В просторах интернета была найдена эта статья о диоде и он был подключен согласно этой схемы https://support.starline.ru/knowledge-bases/2/articles/1295-podklyuchenie-k-ruchnomu-tormozu, но ничего не изменилось,

Бывает и так. А   можно было и без статьи найти схему прямо на плакате из коробки...

пробовал подключать возле самого концевика ручника также в разрез провода, но ничего не изменилось.

Правильнее всего , чтоб наверняка - подключать именно в отрезок провода, идущего от кнопки ручника (мало-ли куда он там в проводке РАЗВЕТВИТСЯ). Анод с катодом у диода не перепутали? Диод точно  без ошибки воткнули В РАСКУС ШТАТНОГО  провода В ПРОВОДКЕ МАШИНЫ?  Сине-красный провод сигнализации с какой стороны примотали? Со стороны кнопки ручника или  с другой? С установленным диодом  после подъема ручника при извлечении ключа  машина глохнет или нет? Она не должна глохнуть, если  диод установлен верно, сине-красный примотан правильно, а кроме него правильно примотаны И НАСТРОЕНЫ  провода релейного модуля запуска  к замку зажигания

Управление цз было подключено через силовые выходы сигналки к проводам от разъема замка в водительской двери которые выходят в коричному колодку возле водительских ног это коричнево-желтый и зелено-синий провод.

К ЦЗ надо подключать не СИЛОВЫЕ выходы релейного модуля (отдельная коробочка), а специально для этого заточенные или релейные каналы 7 и 8 (провода  из разъема Х1 сигнализации) или слаботочку - каналы 4 и 5. Тут всё зависит от нюансов машины и фантазии установщика. 

ЦЗ сигналкой управляется? Запирается-отпирается? А штатное управление от поворотоа ключа в личинке замка двери сохранилось? Если на оба вопроса ответ ДА, то   с этим всё хорошо и оно никаким боком к тому, что в машине "вспыхивает" зажигание.

Смотрел схемы подключения именно под свое авто и у все разные провода подключения цз.

Бывает. Фантазия у всех разная.

Концевики дверей были сделаны через диоды.

Если сигнализация видит все двери то уже хорошо и  с этими диодами проблем нет.

ЦЗ стал работать, с брелка двери открывались и закрывались, но после того как заглушил принудительно машину когда она работала на автозапуске и снимаю с охраны, открываются все окна. 

Значит  надо приматываться к другим проводам, отвечающим за ЦЗ или думать - почему идет откат стекол при текущих подключениях и настройках времени работы  каналов, управляющих ЦЗ.

А также с автозапуска мигает значок иммобилайзера, 

И машина не заводится при этом?

модуль обхода был установлен ВР-04, подключен по первому варианту установки https://www.sl-alarm.ru/downloads/starline-bp-04-install.pdf?ysclid=m501p28ye7239159025, 2 ключ которые в модуле к иммобилайзеру привязан, машину заводит, значок мимо при включении зажигания сразу гаснет.

Читайте это https://support.starline.ru/communities/10/topics/6799-obhodchik-immo-starlajn-bp-3

и анализируйте - что сделали не так. Предполагаю, что  катушку из комплекта обходчика положили внакладку на ключ, а надо головку ключа вталкивать в витки катушки так, чтобы витки были поперек ключа и вокруг головки. Физика, школьный курс, шестой класс. Ну или перемычку на плате обходчика не раскусили (не отпаяли). Для такой машины правильнее было брать  обходчик SL BP-3. 

Все верной машина на механике, при программировании автозапуска было выбрано управление по тахометру и проверка ручника по первому варианту. 
Часть ключа где находится чип был воткнут в витки обходчика по середине самого чипа, перемычка которая на плате была перерезана, кольцо которое цепляется на личинку замка было надето, сформировано по личинке, а остаток обжат хомутом. Единственное не скручивал провода по типу витой пары. Вчера приехал, поставил машину на ручник, выключил зажигание, машина продолжала работать, вышел поставил на охрану, машина заглохла. Сегодня утром машина с автозапуска заводится и сразу глохнет. 
Управление ЦЗ было подключено через синий и зеленый провод, сине-черный и зелено-черный были подключены на массу. Машина отпирается и закрывается, с личинки ключа на водительской двери машина также отпирается и закрывается. Такая проблема с опусканием стекол происходит только после того как машина была снята с охраны после автозапуска. Такой проблемы просто с постановкой и снятием с охраны не наблюдается. Потом попробовал подключить провода на кнопку открывания и запирания дверей которая находится на водительской дверной карте и окна опускаться перестали, но и в тоже время перестала работать сама кнопка на карте. 
Сперва был прозвонен провод от концевика ручника до приборной панели, сине красный провод подключен ближе к разъему концевика к самому проводу, далее диод, потом провод был разрезан и подключен диод. Машина при затянутом ручнике не глохнет, а продолжает работать пока не поставишь ее на охрану.  Тоже думал, что может диод не так подключил, но если поставить его не так, то на приборной панели не загорается индикатор ручника.