пишет не выполнена програма нейтраль

Вы после выполнения нейтрали до попытки запуска настройки блока не меняете никак? ни через мастер, ни через старлайн2?

а может вкл в теле быстрые настройки , вкл пробег , а убили настройки запуска ...

5 ноября  лазил в настройках ст мастер, но после этого заводка работала (сделал концевик на нейтраль подключен как индикатор паркинга, поэтому и в настройках поставил АКП.
После этого пробывал заводить-все прекрасно. 

6 ноября утром она не завелась, выдала ошибку постановки на нейтраль.

По приходу в машину залез в настройки, было переключено на МКП, после этого поменял на АКП, и все стало заводиться ( я не менял их на МКП).

Дальше весь день все заводилось.
После этого контрольный завод был вечером, все прекрасно работает. 

Наступает утро и опять та же канитель, нет программной нейтрали. 

Повторил все те же действия что выше были мною указаны-все заработало. 
Сегодня утром завелась без ошибок и не сбросилась на МКП.

6 и 7 числа лазил в настройки ст мастер по утрам чтоб исправить МКП на АКП больше ничего не делал.

Что за полтергейст? 

Что за полтергейст?

Ну если разговаривать про полтергейст, то  "колхозы" в машине с МКПП  с целью обмануть программную нейтраль (избавиться от неё) - небезопасное дело. Если что-то сделать  не очень хорошо и произойдет сбой - машина вполне себе может поехать кататься без водителя за рулем. Прецедентов предостаточно.

Если Вас это не страшит, то ройте вокруг "колхоза"...

Спасибо за совет, привычка ставить на нейтраль выработалась давно на прошлой машине не было датчиков никаких и просто переведена в режим акп и все было нормально. На этой же машине увидел статью, как сделал человек. Решил тоже поставить, а может когда-нибудь и пригодиться. Хоть и не нуждался. 

и опять же еслиб что-то с датчиком произошло оно бы писало паркинг откл.

В любом случае ЗАОЧНО проблемно такие ребусы решать - почему вдруг какие-то настройки  сами по себе меняются. 

Могу только написать, что в своей практике с таким не сталкивался. Пока никто не полез в настройки - они  как вкопанные. Единственное, что  иногда встречал на форуме - у народа слетают прошивки из CAN-модулей (но не из главных блоков). А случается это при плавных длительных засадах аккумуляторов ниже "плинтуса"...