E96 на Rav-4 2010года

При дистанционном запуске с брелка авто заводится и глохнет через несколько секунд, а с приложения нормально заводится,

Нетипичное поведение. При корректных подключениях и настройках не должно быть разницы - через что производится запуск двигателя - через брелок или через приложение.

подскажите пожалуйста что делать?

Дать больше информации.

Дать ссылки на схемы, по коротым всё подключено и выложить файл настроек в формате SLC.

Если не готовы так глубоко погружаться, то тогда ищите грамотного установщика у себя под боком.