E96 v2 Модуль запуска Mini

мини BP-06  Это не идет в комплекте ...у вас просто модуль запуска. 

Какое авто ?

Автозапуск пытается, но не может запустить авто, зажигание включается, стартер не крутит, реле щелкает.
По инструкции к новому модулю сине черный и синий идут в разрыв стартера, так и сделал. Но не подключал черно-желтый.

Так потому и не крутит, что не подключили черно-желтый... Именно он отвечает за кручение.  Он ведь на схеме , скрин которой Вы привели  -  ПОДКЛЮЧЕН! Куда? Так  посмотрите на схему внимательно. Синий отвечает за ... БЛОКИРОВКУ.

При этом в программе Мастер, сине черного вообще нету. 

И не будет. В программе есть только провода разъема Х2 сигнализации. Они идут  в релейный блок и  управляют   реле того же "цвета", что и этот управляющий провод. Синий провод разъема Х2 сигнализации управляет "синим" реле в блоке. У того реле целых ТРИ провода выведено из  блока при сработке реле  внутри блока синий толстый размыкается с сине-черным толстым и замыкается с сине-белым.Пока катушка реле обесточена ( не пришло управляющего сигнала по синему тонкому из Х2 сигнализации) -  синий замкнут с сине-черным.

И как я понял там все выставлено под обычный модуль запуска, помогите пожалуйста настроить.

Ну так измените настройки в программе под свой модуль - на синий провод назначьте "защитная блокировка стартера", а на  желтый,  зеленый, оранжевый и черно-желтый назначьте те функции, к каким цепям на замке зажигания Вы их подключили.  Если что-то не использовано  при подключении (в машине нет таких цепей или  подключение не требуется) то  неподключенный провод лучше настроить как "функция не назначена"...

Какое авто ?

+100/500

марка-модель-год, тип КПП, чем заводится вручную - замок зажигания или кнопка Start?

Эта информация позволит  написать Вам - что-куда-как-зачем, если  написанного выше  недостаточно...

И еще - так как вопрос про самоустановку - модераторы вправе перенести тему в раздел "самостоятельная установка"...

Купил в магазине запечатанный, в комплекте был именно модуль запуска Mini, хотя у всех идет обычный. 
Да, спасибо, Старик, но решил до этого, просто не подключил желто черный. Извините, в первый раз ставил сам. А в теме указывал что самостоятельная установка.

Ford Focus 2 2007, механика, ключ. Все работает спасибо, установка не сложная)

Ну и славно, что всё получилось. Спасибо, что сообщили.