После простоя перестает работать обход иммобилайзера

Обновлялся регулярно.

Зачем? Обновление ради обновления- часто путь в проблемы.  Сигнала  она не самоа по себе, она не айфон. Она внедрена в машину и стала с машиной единым и неделимым симбиозов. И в этой связке обновление одного без обновления другого - часто путь в проблемы. Если в машине всё работало - то не следовало примерять обнову за обновой.

Проверил провод и подключения к LIN, перепрошил CAN, откатил прошивку блока, переобучил обходчик (обучается за пару секунд) ничего не помогает, что с ней нетак?

Заочно на этот вопрос  не ответить... Но это вполне может быть следствием обновы...

Можно предложить откатить прошивки блока и CAN еще дальше - в идеале - до самых первых, заведомо рабочих (если они у Вас в компе сохранены. На сайте не всё найдете)... Ну или до тех, чс которыми работало точно и  работало долго - не одну неделю и даже не месяц-два (ну если обновляли не каждый месяц)...

Ну и файл настроек  в формате SLC выкладывайте - может там что найдется....

я довольно далеко откатился, ничего не помогло. 

Ну тогда файл текущих настроек в формате SLC.