Замена A93 на S96.

Зачем? Какую цель преследуешь?

Гибкая логика, открывание без брелка.

Гибкая логика, открывание без брелка.

ради этого действительно стоит  поменять.

Стоит A93 с GSM, GPS, 2Can+2Lin. Планирую поменять на S96 GSM ECO.

Что-то надо дополнительно приобретать?

Смотря чего хочется от S96v2 (S96  года  четыре не производится)

Но в комплекте ЭКО всего одна метка. Опрометчиво, особенно -е сли машиной будет пользоваться несколько водителей. Да и иметь запасную метку даже при одном водителе - иногда  очень полезно.

Подойдёт GPS модуль? 

GPS-модули А93 и S96v2 имеют разные разъемы. Поэтому не подойдет.

Распиновка такая же?

Нет. Ни распиновка GSM - модуля, ни тем более - набор разъемов, их вид и форма у главных блоков этих моделей сигнализаций РАЗНЫЕ.

Возможно поменять пины в разъемах, чтобы не вести проводку заново?

Нет. Только полный демонтаж А93 вместе со всеми её проводами и новый монтаж новой системы с её проводами.

И еще -  установка системы шестого поколения - это совсем другой уровень сложности. Надо бы  подготовиться потщательнее.