Renault Megane, 2008 -

При автозапуске не открывает двери ни штатно не с телефона, пока двигатель с приложения не заглушишь, 

Пока мотор заведен (неважно - кем и как. Если завести ШТАТНО, не  через сигнализацию - замки тоже не управляются СЕНСОРАМИ на ручках, если они есть и  кнопками  на клбюче от машины. )

как это исправить?

Полностью?  Почти НИКАК. Частично вопрос можно закрыть, сделав  аналоговое  подключение  к низовым цепям ЦЗ. В этом случае при заведенном моторе будет отпираться хотя-бы  из приложения и  органами сигналки: брелоком, если он есть или кнопкой на метке сигналки.

А вот чтобы  при заведенном моторе стали работать сенсоры на ручках дверей и кнопки на ключе от машины - за решение такой задачи берутся даже не все профи-установщики и не во всех машинах. Причем настоящие ПРОФИ. С опытом и знаниями. Риск "окирпичить" машину слишком велик... Требуется вмешательство   в штатные блоки автомобиля. Цель  вмешательства - убедить некоторые блоки машины (или некоторые участки электроники машины), отвечающие за управление ЦЗ, что ни мотор не заведен, ни зажигание не включено. Тогда эти блоки разрешат работу ЦЗ при заведенном моторе. Проблема в том, что в этой машине вся кузовная электроника - в одном блоке - в блоке ЦЭКБС. И микроконтроллер там  только один - так что  похоже  не обойтись даже резаньем дорожек на плате (знать бы еще что именно из нескольких тысяч дорожек разрезать и в одном-ли месте)  - похоже только взлом программы этого микроконтроллера может решить  вопрос... А хакеры - на другом ресурсе...