Выходя из машины с работающим двигателем сигнализация ставиться на охрану и срабатывает тревога.

Настоятельно не рекомендую оставлять ключи в машине. Это не безопасно и могут возникнуть сложности с открытием замков.

Для охраны с работающим двигателем есть специальный режим.

Поставил  плюс ответу коллеги. Информация не полная - непонятно о какой модели сигнализации речь и о каком алгоритме действий (просто  выскочили из машины, или  забрали с собой МЕТКУ или брелок. Или ничего с собой не забирали), но  судя по всему срабатывает  режим АНТИОГРАБЛЕНИЕ. Если нужно  оставить машину с рабтающим двигателем, покинув её, то следует изучить  раздел инструкции "охрана с заведенным двигателем", а если машина с кнопкой Start, а не с замком зажигания, то еще и уточнить по месту установки - какие дополнительные действия ВОЗМОЖНО нужно  выполнять при активации этого режима.

Если же  работающий мотор не принципиален, то следует глушить машину перед покиданием, чтобы  не активировалсмя режим антиограбление. 

Ну или  принять решение - а нужен-ли он  - этот режим защиты от угона методом разбоя... И если не нужен, то подъехать по месту установки и попросить отключить этот режим...