Skoda Yeti 1.6 MPI, АКПП, 2015

Обучение прошло нормально, но режим slave работает глючно: не всегда статус при снятии с охраны ключом на брелок передается и автозапуск работает только на расстоянии 5 м от авто, если дальше, то глушит двигатель и включает сирену.

А брелоком StarLine заводить пробовали?

можно ли автозапуск без активации режима slave реализовать,

Можно и даже нужно, чтобы исключить попадание преступников в машину через "дырявый" радиоканал штатного управления ЦЗ кнопками на ключе.

Подскажите, как запрограммировать функции, чтобы автозапуск заработал?

Заочно можно  написать только одни ответ -ПРАВИЛЬНО запрораммировать... А реально - надо для начала проверять и перепроверять - что, куда, как, а главное - ЗАЧЕМ Вы подключили к проводке машины и не наделали-ли при этом ошибок. Вы их САМИ скорее всего не найдет по простой причине - Вы их не считаете ошибками, будучи уверенным, что ВСЁ ПОДКЛЮЧИЛИ и НАСТРОИЛИ верно... И при каждой проверке будет видеть  только "верные" подключения и настройки.

Или дело в сырой прошивке?

Это вряд-ли. Иначе Вы были бы не одиноки. Тут бы был ВАЛ жалоб и стенаний. "Етей" же не одна и не две по стране.

Ещё окна при постановке на охрану автоматически не поднимаются, хотя функция комфорт включена.

От комплектации машины зависит  (согласитесь - глупо рассчитывать на подъем стекол сигналкой в машине - с "веслами" - ручными стеклоподъемниками. Но в  машине с электроподъемниками подъем сигналкой если и возможен, то  только в машине с "умными" подъемниками - управление которыми доступно через CAN). А в машинах группы VAG+  еще и от  настроек штатных электронных блоков машины может зависеть...

Иногда помогает ОБУЧЕНИЕ сигналки -  ручное опускание и подъем всех стекол по кругу.