Что мешает управлять отпиранием багажника с родного ключа? Раз уж вы используете Slave, пользуйтесь им по полной =)

Он знает

попробуйте обучить стёкла заново

Срабатывает всё же, наверное, не от ЦЗ, а от включающегося плафона при отпирании ЦЗ

Если всё работает, обновлять незачем.

Сейчас авто с включенной охраной можно открыть изнутри ручкой двери или ЦЗ - сигнализация молчит.

Потому, что у вас задержка опроса концевиков стоит. Попробуйте открыть дверь спустя минуту после постановки в охрану

В таком случае, по 3 вопросу, поступите так, как я вам советовал выше.

стрелка указывает в нужный провод. Этот ли провод был подключен?

Тут?

1. Сигнализация в таком случает управлять стёклами не будет

2. Если в момент отпирания багажника сигнализация находилась в охране, то да, так и должно быть. Для предотвращения срабатывания датчиков при погрузке чего-либо в багажник, отключается не только концевик багажника, но и датчики наклона/движения и удара.

3. Попробуйте поменять прошивку, например, на 3.5. Или подключите ЦЗ по аналогу, выключив управление в CAN-модуле.