Вот вам и ответ. Ищите в салоне обходчик и смотрите, что с ним. Я вижу 2 проблемы: замерзает сам чип или замерзает реле в обходчике. Решается заменой виновника

Штатка имеет приоритет ....

вы хотите сказать, что штатка имеет приоритет, даже при включенном SLAVE? Тогда в чем заключается суть SLAVE?

Основная проблема в том, что после мягкой посадки не ставится в охрану StarLine при закрытии штатным брелком. А в дополнении описано следствие этого. Без мягкой посадки все работает корректно: и ставится в охрану обоими брелками, и снимается тоже - без разницы в какой последовательности.

И с чего решили что не отключается?

Что Вы имеет в виду? Я вроде не писал, что ЧТО-ТО не отключается. Скорее при мягкой посадке не происходит событие "АЗ\ДЗ завершен" и это каким-то образом влияет на SLAVE. Если после мягкой посадки принудительно вызвать это событие (подержав кнопку 2 брелка StarLine до 2х звуковых сигналов) - все работает корректно.

Точно, не учел, что МКПП. Тогда просто подойдите к авто и попробуйте запустить с брелка - посмотрите, включается ли зажигание и т.п. На ФФ3 лампа иммо вроде посередине красная, но могу ошибаться.

На ФФ3, если мне не изменяет память, при отсутствии чипа даже стартер не крутит, так что 99% - проблема в чипе и\или обходчике. Ищите.

Попробуйте после длительной стоянки сперва сесть в машину и оттуда запустить с брелка - последите за происходящим. Включается ли зажигание, как ведет себя лампа иммо? Может подглючивает реле стартера в модуле АЗ\ДЗ сигнализации.

Обход иммо как реализован: ключом\чипом, или безключевым? Было такое, что замерзал чип-клон в обходчике и переставал работать.

Кстати, а при неудачной попытке стартер вообще крутит? 

Прошивка блока: 2.12.1