Чаше всего В НЕВЕРНОМ ПОДКЛЮЧЕНИИ сигнализации.
Либо к ручнику подключились НЕ ТАК Подключение к РУЧНИКУ, а именно - не установили ДИОД в РАЗРЫВ штатного провода.
Либо наколбасили с установкой и подключением ДАТЧИКА ТЕМПЕРАТУРЫ, задействовав штатный концевик капота, НЕ ОТРЕЗАВ ЕГО ОТ ШТАТНОЙ проводки и тем самым связав в кучу две электроники - ботовую и сигналочную. И они теперь ДЕРУТСЯ за кнопку капота. как правило побеждает штатка. В том смысле, что автозапуск не работатет, а могут быть и ложные сработки по зоне КАПОТ... Об ошибках читаем тут  Читать с поста 286 и далее

ПРИ ОПИСАННЫХ у Вас симптомах У Вас классическое ОТСУТСТВИЕ контроля "ЗАВЕДЕН/НЕ ЗАВЕДЕН мотор". И скорее всего так происходит потому что ГОРЕ-установщики посчитали возможным НЕ ПОДКЛЮЧАТЬ НИКУДА серо-черный провод сигнализации и запрограммировать в настройках "контроль" (если его вообще можно считать контролем) ПО НАПРЯЖЕНИЮ бортсети. Или кто-то ИЗМЕНИЛ НАСТРОЙКУ, но не переподключил серо-черный провод сигнализации ТУДА в проводке автомобиля ГДЕ как раз такой сигнал, под который сделано программирование (Импульсы, зависящие от оборотов, если ТАХО или  появление 0...1,2в при включении зажигания и не менее 8 вольт после запуска мотора и начала работы генератора) ...
Если знаете - где у вас кнопка VALET в машине что такое кнопка VALET? для чего и где искать, то сделайте следующее:
1. Сделайте 6 нажатий этой кнопки, каждое нажатие должно сопровождаться вспышкой контрольного светодиода.
2. Включите зажигание, должно раздаться шесть кряков сирены.
3. теперь нажимайте кнпку VALET по одному разу С ПАУЗАМИ. В паузах слушайте кряки сирены. Как только дойдете до   того момента, когда после очередного нажатия VALETA прозвучит ДВА ПРОТЯЖНЫХ и ОДИН КОРОТКИЙ кряк - Вы в функции 11 второй таблицы - ПОСМОТРИТЕ ПОСЛЕ ЭТОГО на экран брелока - что там? 
Если 11_1, то я прав и контроль действительно "ПО НАПРЯЖЕНИЮ" и надо:
А) Найти грамотного установщика
Б) его руками подключить серо-черный провод сигнализации в проводку автомобиля в такое место, где есть сигнал, связанный с ЗАВЕДЕННОСТЬЮ/НЕЗАВЕДЕННОСТЬЮ мотора и запрограммировать эту функцию 11 под сделанное подключение.

Если же при проверке окажется, что у вас задано 11_2 или 11_4, а при этом наблюдаются такие проблемы, ТО НАДО ТЕМ БОЛЕЕ - ПРОВЕРЯТЬ - подключен-ли серо-черный провод и КУДА ИМЕННО он подключен и соответствует -ли его подключение варианту настройки функции 11.

После прогрева мотора  И ПОДЗАРЯДКИ аккумулятора - на какое-то время  начинает "работать" и КОНТРОЛЬ ПО НАПРЯЖЕНИЮ - по просадкам и подскокам питающего напряжения - САМЫЙ ПОГАНЫЙ КОНТРОЛЬ, если его вообще можно считать контролем. Он для тех случаев, когда в автомобиле нет ни импульсов об оборотах двигателя, ни контрольного провода генератора... За всю практику был только один такой автомобиль - пиндосовский дизель...

Но у вас как минимум есть ФОРСУНКИ с импульсами. А значит все можно сделать ПО-ЧЕЛОВЕЧЕСКИ. Хороший установщик ждет вас на переделку. Ну или по месту установки вправляйте мозги тем, кто поленился изначально сделать все - как положено.

При постановке на охрану и снятии с охраны Вы ЖМЕТЕ РАЗНЫЕ кнопки. И если ПЕРВАЯ работает ЧЕРЕЗ РАЗ, а ВТОРАЯ - КАЖДЫЙ РАЗ, то что Вы хотите?

По датчику удара:
он изготовлен на базе АКСЕЛЕРОМЕТРА - микросхемы, реагирующей на ускорения, что в корне отличается от датчиков СТАРОГО типа на базе ПЬЕЗОэлемента. Психологически ОН ГРУБЕЕ (тупее, если хотите) для большинства пользователей. Поэтому обычно приходится "накручивать" его чувствительность ПО УДАРУ на 13...14/8...10 и на 10...12 по НАКЛОНУ в настройках меню брелока - надеюсь - освоили это).
Это во-первых.
 А во-вторых - СТУЧАТЬ НАДО секунд через 15-20 (а лучше через 30), так как сразу после постановки на охрану ДАТЧИК настраивает уровень НУЛЯ и если начать стучать СРАЗУ, то эти колебания и вибрации и будут приняты за НОЛЬ. Тогда для его сработки на машину надо будет уронить бетонную плиту.  Кое-что зависит и от ориентации датчика в пространстве. замечено, что чувствительность выше, если модуль приемо-передатчик раположен наклонно штырем антенны вниз (акселерометр в нем живет). Но неплохо работает и при горизонтальном расположении штыря антенны.

Проверьте настройки в первой таблице - должно быть УПРАВЛЕНИЕ СИРЕНОЙ, а не ШТАТНЫМ КЛАКСОНОМ. Когда лазили по настройкам - могли напрограммировать черте чего...
Это раз. если НЕ ПОМОЖЕТ, то преходим к:

ДВА - расцепите серый провод сигнализации и плюсовой провод сирены. подайте на плюсовой повод сирены +12 вольт - ОРЕТ? Если дА, то на серый повесьте лампочку 12вольт 5 ватт (относительно массы) - мигает при постановках/снятиях с охраны? НЕТ? Скорее всего сожгли транзистор в блоке сигнализации. КАК? Коротнули серый провод на массу... Проверьте его по всей дороге от блока до выхода к сирене.
Лампочка загорается? значит выход цел и разбирайтесь с сиреной.

Если сирена не орет при её запитке с аккумулятора, то проверяйте соединение её черного провода с массой - кузовом автомобиля. Все вроде хорошо? Снимите её и подключите прямо на клеммах аккумулятора. И так не орет? - сирена сдохла...Замените её.

К сказанному добавлю. По второму вопросу - если появляется символ ПИСТОЛЕТИК на экране, то это АНТИОГРАБЛЕНИЕ. Он может включаться САМОПРОИЗВОЛЬНО даже при вариантах настроек
табл.1 пункт 8.  варианты 3 или 4 
по причинам, изложенным вот тут Глюк StarLine A91, который ВОВСЕ НЕ ГЛЮК

GSM - это отдельная антеннка со шнурком. В комплект Е90 не входит. Докупается отдельно. Втыкается в соответствующее гнездо на корпусе блока. Активируется командами, которые Вы уже знаете.

Пожалуйста. Ждем отчета.

Максим. вам уже дали все ответы. Вы упорно не желаете их осмыслить. Причем сами же много для себя подспудно ВСЕ ТАКИ СВЯЗЫВАЕТЕ с таким процессом, как "ЗАСЫПАНИЕ" электроники автомобиля.
В общем еще раз:
1. Сигнализация МОЖЕТ читать статусы из CAN, в том числе и о состоянии ТОРМОЗА только пока CAN-шина НЕ УСНУЛА. Как только уснула - ничего прочитать нельзя (как и команду через CAN передать). Поэтому ГРАМОТНЫЕ УСТАНОВЩИКИ при установке на автомобили с CAN-подключением сигнализаций С ФУНКЦИЕЙ ЗАПУСКА МОТОРА предпочитают ЗАПРЕТИТЬ чтение из CAN статусов: ТОРМОЗ, ЗАЖИГАНИЕ ВКЛЮЧЕНО, ДВИГАТЕЛЬ ЗАВЕДЕН. Подумайте - почему именно эти статусы? И сделать контроль этих зон и сигналов ПРОВОДНЫМ подключением. Тогда даже перепрошивка мозгов машины - ОБНОВЛЕНИЕ Программного Обеспечения (со сменой CAN-протокола)  при посещении дилера  НЕ ПРИВЕДЕТ К ОТКАЗУ АВТОЗАПУСКА/дистанционного пуска. Причем вам достаточно только оранжево-фиолетовый прицепить на лампы СТОП, сделав контроль РАБОЧЕГО тормоза, а сине-красный соединить с массой, а не с ручником - тогда РУЧНИК ДЕРГАТЬ не придется.
2. Зеркала складываются/раскладываются ПРИ ВКЛЮЧЕНИИ ШТАТНОЙ ОХРАНЫ/ПОЯВЛЕНИЮ ЗАЖИГАНИЯ.
а) Заблокировать их раскладывание на автозапуске - ВОЗМОЖНО, но требует вмешательства в проводку - скорее всего хватит ОБЕСТОЧИВАНИЯ блока отвечающего за их работу. НО НАДО СМОТРЕТЬ - как это реализовать реально именно в Вашем автомобиле. Гибкие допканалы и/или выход состояния сигнализации (фиолетовый), на котором в охране масса - Вам в помощь.
б) Если сигнализация включается БЕЗ ВКЛЮЧЕНИЯ ШТАТКИ, то после засыпания CAN (опять CAN, опять засыпание) - ЗЕРКАЛА НЕ СЛОЖАТСЯ. Опять же их можно пытаться складывать ИМИТАЦИЕЙ кнопки "складывание зеркал" - опять гибкие каналы в помощь. Вот только кроме имитации нажатия кнопки надо еще и ПИТАНИЕ на систему складывания зеркал подавать - задача обратная  подразделу а)...
ШТАТКА складывает зеркала, потому что ОНА "БУДИТ" уснувшую шину на некоторое время (судя по вашим вопросам - примерно на 1 минуту). Возможно - есть вариант сунуть куда-нибудь сигнал с канала сигнализации ДЛЯ ПРОБУЖДЕНИЯ CAN-шины при нажатии  на брелоке "постановка на охрану" - есть у гибких каналов привязка к этому событию. И тогда зеркала сложатся ШТАТНО, без вмешательства в схему складывания...

А решить все эти задачки может ГРАМОТНЫЙ и что не менее важно - НЕЛЕНИВЫЙ установщик. Удачи.

Найти блок сигнализации от него проследить - куда дойдет черный провод из разъема с самым большим количеством проводков. В идеале он должен быть зажат под НЕРЖАВЫЙ болт/гайку, вкрученные в кузовную панель. Желательно на чистый металл, а не на краску и /или ржавчину. Как вариант - к проводу в проводке автомобиля, соединенным с кузовом в штатной точке крепления МАССовых проводов к кузову. Тогда надо проверить  скрутку под изолентой и надежность присоединения ШТАТНОГО провода к МАССе.