Вот тут гляньте

определенным образом настроил некоторые функции управляемыми допканалами с гибким программированием, а вспомнить какие функции и как программировал уже не могу

Войдите в режим программирования и перепишите все настройки.

Задержка концевиков не включена?

Она вроде только после первых снятия/постановки появляется.

НЗ/НР переключали?

Можно этот же)

Если причину в авто не найдёте , то как вариант подключить и запрограммировать доп.канал на закрытие.

Индикация на приборке есть? Или свет загорается в салоне при открытии вод.двери?

Проверяйте концевик двери водителя.

При открытой двери проведите опрос состочния кнопкой 3.

То что вы снимали и программировали через микро ЮСБ - это canмодуль.

По мимо этого ещё нужно настраивать сам блок сигнализации.