Вероятнее всего у Вас  управление миганиями со стороны  сигнализации подключено не по слаботочной схеме или по CAN, а пл так называемой СИЛОВОЙ     схеме -  непосредственно к проводке ламп поворотов. У сигнализауции для этого есть два выхода - один подключается к  поворотам одного борта, второй - к  повротоам другого борта. На обоих проводах есть ПРЕДОХРАНИТЕЛИ примерно в 5-7 см от главного блока. При наличии КЗ или перегрузки по одному из бортов соответствующий предохранитель может перегореть. Нередко это случается при подключении к машине  ПРИЦЕПА или при неисправностях в цепях именно тогот борта, с какойц стороны мигать перестало...

Реже отказывает реле в недрах блока сигнализации. И это случается, если сигналке приходится слишком много и часто минать (например кто-то взял и задал в неастройках, чтобы она мигала не только при постановках-снятиях охраны, но и ВО ВРЕМЯ АВТОЗАВПУСКОВ)... Ето реле имеет ДВА выхода на те самые провда с предохранителячми. И чаще всего сначала отказывает одна из контактных групп, а вторая пока еще продолжает работать - вот и становится машина "одноглазой"...

Рекомендую посетить установщиков сигнализаций. Лучше тех, кто производил установку системы охраны в машину - они починят.