Citroen C3 2002-2009 подключение к центральному замку E96V2

ведь должен же где то обрабатываться сигнал с штатного ключа,

Да, он обрабатывается в радиоприемнике радиосигнала (встроенном в один из электронных блоков автомобиля), приходящего из ключа при нажатии кнопок на нем...Так что,  если и можно куда-то туда  , то только ВПАИВАТЬСЯ на плату, разобрав тот самый блок. И ТО НЕ ФАКТ, что получится...

значит должна быть и эмуляция такого сигнала,

Как Вы себе это представляете? Сделать радиопередатчик на той же частоте и передавать такие же посылки радиосигнала под управлением сигнализации? Гораздо проще  подключиться  к низовым цепям АНАЛОГОВОГО управления ЦЗ с:

а) микрика в замке двери

б) с клавиши управоения ЦЗ в салоне (есмлитакая есть)

в) сделать врезку в силовые цепи ЦЗ (если первые два пути почему-то невозможны)

может кто знает как сохранить штатный функционал с освещением салона и габаритами,

только если  у  сигнализации заявлено УПРАВЛЕНИЕ ШТАТКОЙ через CAN (и то не всегда "управление штаткой"="управление с кнопок на ключе"). Но к сожалению вот ТУТ https://can.starline.ru/44/9 такого древнего C3, как  у Вас нету (ну не начитывался на него протокол...). Единственным шансом было бы  попробовать неродную прошивку от C4 2004-2010гг Но и для него УПРАВЛЕНИЕ штаткой не заявлено...

Проверяйте -как себя ведет свет салона  по повороту ключа в замке двери водителя - если гаснет плавно, то   пробуйте подключаться к микрику в замке. Но вот в чем смысл сохранения этой феньки машины  (плвон погасание света в салоне)- не совсем понимаю...

Что касается миганий, то куда заметнее (особенно в яркий солнечный день мигания поворотами, а не габаритами. Прямое подлючение к поворотам без диодной развязки может вывести электронику авто из строя, а диоды для развязки нужны достаточно мощные. (И проводку придется мильно искромсать, устанавливая их) Можно подключиться по слаботочке к клавише аварийки, Но если клавиша аварийки БЕЗ ФИКСАЦИИ, то куда безопаснее всё-таки и сигналку подключить на переключателе головного света к цепи упрапвления габаритами . При этом будет мигать габаритами, как Вам  и хочется... Потому что  попытка управлять  по клавише аварийки, которая  без фиксации  может происходить зависание  миганий...

там несмотря на древность множество очень полезных функций и такое же множество отключено на уровне оф.диллеров в настройках мозгов, например can шина для сигнализации, функции евро света (автоматическое включение фар при запуске двигателя) отключение периферии при постановке на охрану магнитолы и прочее, управление стеклоподъёмниками и зеркалами при постановке на охрану, в общем копаем дальше, логика должна позволять имитировать штатные сигналы со всеми штатными функциями.

например can шина для сигнализации,

Вашей машины нет в перечне поддеживаемых StarLin"ом

логика должна позволять имитировать штатные сигналы со всеми штатными функциями.

Она может куда больше. Главное - разобраться с настройками...